Quân Mông Cổ cậy có binh lực mạnh đánh rất rát, buộc vua Trần phải rút về Thăng Long, rồi tiếp tục dời toàn bộ triều đình về Thiên Mạc. Tuy vậy, triều đình và quân dân không hề nao núng, thực hiện triệt để kế “thanh dã” (làm vườn không nhà trống), nên dù địch chiếm được Thăng Long nhưng không tìm được lương thực, tiến thoái lưỡng nan, phải án binh bất động. Ngày 29 tháng 1, thuỷ quân ta ngược sông Hồng tiến về Thăng Long và lợi dụng đêm tối tập kích địch ở Đông Bộ Đầu (một bến sông, nay ở khoảng từ dốc Hàng Than tới chân cầu Long Biên - Hà Nội).
Bị đánh bất ngờ, địch đại bại tháo chạy, đến trại Quy Hoá còn bị dân binh đón đánh, chỉ còn một ít tàn quân thoát về Vân Nam. Như vậy là ngay từ cuộc kháng chiến đầu tiên chống một đội quân xâm lược Mông Cổ khét tiếng thiện chiến thời đó, quân và dân nhà Trần đã tìm ra phương cách xử thế phù hợp nhất và có thể nói là duy nhất để giành chiến thắng. Đó là đẩy quân địch vào một kiểu chiến tranh vô cùng khác lạ: Khi đang cực mạnh và háo hức đánh thì lại không thấy đối phương mà đánh, đến lúc được đánh thì lại là lúc sức tàn lực kiệt, lại ở thế hoàn toàn bất ngờ.
Cuộc kháng chiến chống Mông - Nguyên lần thứ hai diễn ra vào năm 1285. Trước đó, năm 1271, sau khi thôn tính toàn Trung Quốc, Hốt Tất Liệt lập triều Nguyên và đã ép Đại Việt phải cung cấp lương thực, cho mượn đường đánh Chiêm Thành. Nhà Trần liên tiếp mở Hội nghị Bình Than (năm 1282) và Hội nghị Diên Hồng (năm 1285) bàn kế giữ nước. Đầu năm 1285, quân Mông - Nguyên gồm 60 vạn từ ba hướng tiến công nước ta.
Trên hướng đông bắc, trước thế địch mạnh, quân Trần lui về Vạn Kiếp, sau đó tiếp tục rời khỏi Thăng Long về Trường Yên và Thiên Trường. Hướng thứ hai sau khi chặn địch ở Yên Bái đã rút về Bạch Hạc rồi lui về hội quân ở hạ lưu sông Hồng. Hướng phía Nam cũng lui về chốt chặn ở Thanh Hóa. Sự kiên cường, quyết tâm và tin tưởng vào thắng lợi của triều đình và nhân dân Đại Việt cùng với phương án rút quân chiến lược đã làm thất bại kế hoạch hợp vây của địch. Quân Mông - Nguyên không thực hiện được những đòn quyết chiến với chủ lực ta, lại phải căng sức đối phó cuộc chiến tranh toàn dân nên bị tiêu hao, mệt mỏi, bệnh tật, lương thực thiếu thốn.
Tháng 5, ta phản công bằng một loạt trận A Lỗ, Tây Kết, Hàm Tử, Chương Dương. Thoát Hoan thất bại liên tiếp, phải rút khỏi Thăng Long về Vạn Kiếp, rồi lại bị chặn đánh và bị tiêu diệt lớn, chỉ còn tàn quân chạy về Lạng Sơn, gặp phục binh ta chặn đường, phải chui vào ống đồng mới thoát thân. Tàn quân của Naxi Rútđin tháo chạy về Vân Nam cũng bị ta truy kích quyết liệt. Toa Đô từ Thanh Hoá ra Trường Yên bị chặn đánh ở Tây Kết phải tử trận. Cuối tháng 6 năm 1285, toàn bộ quân xâm lược đã bị quét sạch khỏi bờ cõi nước ta. Rõ ràng là thế trận chiến tranh toàn dân đặc biệt - kế “thanh dã” để đánh lâu dài - một lần nữa lại được vận dụng, song lần này chủ động hơn, nhuần nhuyễn hơn để giành chiến thắng.
Cuộc kháng chiến chống Mông - Nguyên lần thứ ba diễn ra các năm 1287 và 1288. Sau hai lần thất bại, nhà Nguyên tức tối tập trung lực lượng gần nửa triệu bộ binh, kỵ binh, thuỷ binh và đến tháng 12 năm 1287 chia thành ba đạo có cả thuyền lương tiến vào nước ta. Thoát Hoan tiến đến Vạn Kiếp, để lại một bộ phận đóng giữ, còn lại đuổi theo quân Trần và tháng 2 năm 1288 đã vượt sông Hồng chiếm Thăng Long.
Nhà Trần lại một lần nữa tạm rút khỏi kinh thành, lui về vùng hạ lưu sông Hồng. Ở Vân Đồn, Trần Khánh Dư chủ động tránh đội thuyền chiến của Ô Mã Nhi và mai phục tiêu diệt toàn bộ đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ. Ba cánh quân địch tiến vào Thăng Long lại lâm vào tình trạng muốn đánh mà không được đánh, lương thực không có. Khắp nơi nhân dân ta thực hiện “vườn không nhà trống” và phối hợp với quân đội tập kích, phục kích địch.
Thoát Hoan ra lệnh đốt phá kinh thành Thăng Long, rút về Vạn Kiếp rồi chia quân làm hai đạo thuỷ, bộ rút về nước. Thuỷ quân Ô Mã Nhi rút lui đã lọt vào trận địa mai phục của ta và bị tiêu diệt trên sông Bạch Đằng. Cánh quân bộ của Thoát Hoan cũng bị đánh liên tiếp ở Hãm Sa. Nội Bàng, Nữ Nhi..., phải mở đường máu mới chạy thoát. Sau thất bại này, triều Nguyên không còn đủ sức đánh Đại Việt. Kế sách rút lui chiến lược thêm một lần được quân dân nhà Trần áp dụng, và đến lần thứ ba mà kẻ địch vẫn buộc phải mắc mưu, không thể cứu vãn.
Cũng dưới thời Trần, sự kiện ba lần giặc Chiêm Thành đánh vào tận Thăng Long đã để lại bài học đắt giá về việc nhận thức, giải quyết sai lầm vấn đề chiến tranh và hòa bình. Cuối thế kỷ XIV, nhà Trần ruỗng nát, như sử gia Ngô Sĩ Liên nhận xét: “Chỉ vì lòng người sinh biếng trễ, phép nước bị buông lơi ..., việc phòng thủ biên cương bị triệt bỏ ... Dụ Tông vốn quen chơi bởi ... Nghệ Tông ... chỉ chăm lo văn nghệ.”. Tháng 3 năm 1371, quân Chiêm Thành vào cướp Thăng Long, “đốt phá cung điện, cướp lấy con gái, ngọc lụa đem về”, vua Trần bỏ chạy sang Đông Ngàn.
Tháng 6 năm 1377, quân Chiêm Thành lại đánh vào kinh đô, “mặc sức cướp bóc, vơ vét”. Tháng 5 năm 1378, một lần nữa quân Chiêm Thành đánh Thăng Long, quân Trần chống giữ không nổi, giặc cướp của, bắt người rồi rút về. Nhà Trần từng hiên ngang trước bối cảnh chiến tranh dù chênh lệch so với quân Mông - Nguyên hung bạo và thiện chiến, nhưng trong bối cảnh hòa bình thì lại “ngủ quên” để đến nỗi mang nhục trước kẻ địch vốn chỉ được coi là giặc cỏ. Rõ ràng là, bài toán chiến tranh - hòa bình không hề dễ giải.
