Vừa đổ quân xuống Biên Hòa, quân Mỹ đã mở ngay một số cuộc hành quân lùng sục xung quanh khu vực đóng quân. Đụng độ giữa ta và địch xảy ra ở Đất Cuốc, cách Biên Hòa 30km. Trung đoàn 1 Sư đoàn 9 chủ lực của ta đã đánh thiệt hại nặng một tiểu đoàn thuộc Lữ đoàn 173 của địch. Phát hiện bộ đội chủ lực ta, ngày 11 tháng 11, Lữ đoàn 3 Sư đoàn 1 bộ binh của Mỹ cùng một tiểu đoàn xe tăng và một đại đội pháo binh từ Biên Hòa theo đường 13 tiến lên Long Nguyên. Chúng đóng quân ở Bàu Bàng cách thị xã Thủ Dầu Một 25km về phía Bắc thành một cụm lớn, dùng xe tăng và xe bọc thép làm tường chắn.
Nắm thời cơ tiêu diệt địch khi chúng ở ngoài công sự, Bộ Tư lệnh Miền hạ lệnh cho Sư đoàn 9 nhanh chóng, cơ động, vừa hành quân vừa làm công tác chuẩn bị, bí mật, bất ngờ tập kích địch ở Bàu Bàng. Trận Bàu Bàng bắt đầu.
Theo phương án đã được chuẩn bị, 5 giờ sáng 12 tháng 11 năm 1965, lực lượng Sư đoàn 9 của ta hiệp đồng chặt chẽ giữa các mũi, các hướng bao vây, chia cắt và nhanh chóng thọc sâu vào sở chỉ huy lữ đoàn địch. Đòn tiến công bất ngờ của ta đã làm địch hoảng loạn. Nghe tiếng súng tiến công địch ở Bàu Bàng, một phân đội của Sư đoàn 9 sang làm nhiệm vụ kim chế địch ở Lai Khê nhanh chóng cơ động chặn đường rút chạy của địch.
Sau ba giờ chiến đấu, ta hoàn toàn làm chủ chiến trường. Hơn 2.000 lính Mỹ cùng với hơn 30 xe tăng, xe bọc thép đã bị tiêu diệt. Đây là trận đánh diệt Mỹ với hiệu suất cao, thể hiện khả năng chiến đấu, cơ động lực lượng bí mật, bất ngờ, đánh gần, dũng mãnh của bộ đội ta, đồng thời chứng tỏ khả năng sử dụng đơn vị cỡ sư đoàn tiến công tiêu diệt một đơn vị quân Mỹ. Chiến thắng Bàu Bàng đã mở đầu và thúc đẩy phong trào diệt Mỹ ở chiến trường miền Đông Nam Bộ. Dư luận Mỹ và phương Tây cho rằng: Thế tiến công của Việt cộng là một bước ngoặt rõ ràng của họ trong chiến tranh.
Thế tiến công này được thể hiện ngày càng rõ ràng hơn qua sự kiện ta đánh bại chiến dịch Gianxơnxiti của địch. Song trước khi mở chiến dịch Gianxonxiti, Mỹ đã hai lần tổ chức tiến công lên Tây Ninh và đều thất bại.
Lần thứ nhất, vào tháng 9 năm 1966, chúng mở cuộc hành quân Attonbo từ Trảng Bàng đến Gò Dầu Hạ nhằm tiêu diệt một bộ phận chủ lực ta, hỗ trợ cho việc bình định của chúng ở xung quanh Sài Gòn. Trong cuộc hành quân này, chúng dùng tới 30.000 quân. Ta sử dụng Tiểu đoàn 9 chủ lực Miền và lực lượng chiến đấu tại chỗ, tổ chức nhiều trận đánh liên tiếp làm cho địch thiệt hại nặng nề, chống đỡ lúng túng.
Ngày 24 tháng 11 năm 1966, địch phải kết thúc cuộc hành quân Attonbo. Sau 72 ngày đêm chiến đấu oanh liệt chống lại cuộc càn quét lớn của địch, quân và dân miền Đông Nam Bộ đã loại khỏi vòng chiến đấu 4.500 tên địch, trong đó có 1.700 tên Mỹ; Bắn rơi và bắn hỏng 65 máy bay; Phá hủy 7 đại bác; Bắn cháy nhiều xe tăng, xe bọc thép trong điều kiện vũ khí chống tăng của ta còn thiếu; Đánh thiệt hại nặng Lữ đoàn bộ binh nhẹ 196 của Mỹ.
Lần thứ hai, sau thất bại của cuộc hành quân Attonbo, tháng 1 năm 1967, địch mở cuộc càn Xêđaphôn đánh ra khu vực Bến Cát, Củ Chi, với lực lượng huy động không kém gì cuộc càn Attonbo. Nhưng, sau gần một tháng bị quân và dân ta chặn đánh quyết liệt, với nhiều cách đánh sáng tạo của chiến tranh nhân dân, địch không thực hiện được ý đồ hành quân, phải kết thúc chiến dịch với khoảng 2.500 tên Mỹ, 200 tên ngụy và 54 tên lính đánh thuê Niu Dilân bị loại khỏi vòng chiến; 149 xe quân sự trong đó có nhiều xe tăng M41, xe bọc thép M113 và M118 bị phá hủy; 28 máy bay bị bắn rơi và bắn hỏng. Chiến thắng của quân và dân miền Đông Nam Bộ đã bẻ gẫy hai cuộc hành quân càn quét lớn của địch, ta đã diệt một bộ phận lớn sinh lực quan trọng quân Mỹ, làm thất bại ý đồ dùng quân đông và vũ khí hiện đại tìm diệt bộ đội chủ lực và triệt phá căn cứ cách mạng của ta.
Mặc dù bị giáng nhiều đòn đau, bị thất bại liên tiếp trong các cuộc hành quân tìm diệt lớn trên chiến trường miền Đông Nam Bộ, đế quốc Mỹ với bản chất hiếu chiến và ngoan cố không chịu từ bỏ ý đồ đánh phá căn cứ, tiêu diệt cơ quan đầu não kháng chiến của ta. Theo tính toán của chúng, Tây Ninh không chỉ là căn cứ của Trung ương Cục miền Nam và Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam, mà còn là căn cứ của Bộ Chỉ huy quân sự Miền, là nơi tập kết hậu cần chiến lược với nhiều chân hàng, kho dự trữ lớn, là địa bàn đóng quân của “chủ lực Việt cộng”. Hơn nữa, đánh lên Tây Ninh là một địa bàn có không gian chiến dịch rộng, mạng lưới giao thông thủy bộ tương đối thuận lợi để Mỹ triển khai và phát huy ưu thế vũ khí và trang bị quân sự hiện đại.
Vì vậy, Bộ Chỉ huy của Mỹ ở Sài Gòn quyết định mở cuộc hành quân lớn mang tên Gianxơnxiti đánh vào chiến khu Dương Minh Châu nhằm phá hủy căn cứ kháng chiến của quân dân ta, tiêu diệt cơ quan đầu não kháng chiền toàn miền, tiêu diệt một bộ phận lớn chủ lực ta ở miền Đông tạo lá chắn yểm trợ cho ngụy quyền Sài Gòn tiến hành bình định phía nam và giành một thắng lợi quân sự có ý nghĩa quyết định để lên dây cót tinh thần cho đội quân viễn chinh đã bắt đầu sa sút sau những thất bại liên tiếp.
Để thực hiện những mục tiêu đó, địch huy động đại bộ phận quân Mỹ ở miền Đông và một bộ phận quân ngụy bao gồm: Ba lữ đoàn của Sư đoàn bộ binh 1, hai lữ đoàn của Sư đoàn bộ binh 25, một lữ đoàn của Sư đoàn bộ binh 4, một lữ đoàn của Sư đoàn bộ binh 9, cùng với Lữ đoàn 196 và Lữ đoàn 173. Lực lượng ngụy Sài Gòn tham chiến là Lữ đoàn thủy quân lục chiến. Quân số địch sử dụng khoảng 45 ngàn tên; Trên 1.000 xe tăng, xe bọc thép; Hàng trăm khẩu pháo các loại cùng nhiều máy bay chiến đấu.
Lực lượng ta chỉ có Sư đoàn 9 được tăng cường thêm Trung đoàn 16, với tổng số chưa đến 10.000 quân. Đây là một thử thách không nhỏ đối với quân và dân Tây Ninh. Nhưng, với kinh nghiệm thắng lợi của hai cuộc phản công trước, Quân ủy Trung ương và Bộ Tư lệnh Miền quyết định mở chiến dịch phản công ở Tây Ninh và chủ trương động viên mọi lực lượng cơ quan, đơn vị trong căn cứ bám trụ chiến đấu tại chỗ, xây dựng thế trận chiến tranh nhân dân vững chắc và kết hợp chặt chẽ giữa chiến tranh nhân dân địa phương với tác chiến chiến lược của các binh đoàn chủ lực.
Do trong căn cứ của ta chỉ có ít dân sinh sống dọc sông Vàm Cỏ Đông nên lúc này, Bộ Tư lệnh Miền chủ trương lực lượng của tất cả các cơ quan dân - chính - đảng và Bộ Tư lệnh đều tổ chức theo hình thức làng xã và huyện chiến đấu. Các tiểu đội, trung đội du kích được thành lập từ các nhân viên cơ quan, lựa chọn các đồng chí có sức khoẻ, kinh nghiệm để lập các đại đội, tiểu đoàn tập trung, làm nhiệm vụ của bộ đội địa phương cơ động tác chiến trên địa bàn huyện. Riêng cán bộ, chiến sĩ các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Tư lệnh Miền được tổ chức thành bảy đại đội, một tiểu đoàn làm nhiệm vụ của bộ đội địa phương huyện. Số còn lại gần 2.000 người được tổ chức thành các tiểu đội, trung đội du kích tự vệ chiến đấu tại chỗ.
Như vậy, cho đến trước thời điểm Mỹ mở cuộc tiến công thế trận chiến tranh nhân dân của ta ở khu căn cứ đã được tổ chức khá hoàn chỉnh, vững chắc. Phương án tác chiến được Bộ Tư lệnh Miền xác định là kết hợp chặt chẽ giữa ba thứ quân: Bộ đội chủ lực, bộ đội địa phương các huyện và du kích các cơ quan; Thực hiện đánh nhỏ, đánh vừa và tạo điều kiện đánh lớn; Bảo đảm đánh dài ngày, mạnh bạo nhưng chắc thắng; Tiêu diệt được nhiều sinh lực địch, bảo vệ được cơ quan, kho tàng trong vùng căn cứ, bảo vệ lãnh đạo miền. Các đơn vị tham gia chiến đấu đều được tăng cường trang bị vũ khí tốt. Đặc biệt, số vũ khí từ miền Bắc chuyển vào, nhất là các loại B40, B41,... được trang bị cho bộ đội, du kích, tự vệ cơ quan trong căn cứ để đối phó có hiệu quả với xe tăng bầy của Mỹ. Công tác hậu cần cũng được chuẩn bị khẩn trương. Đến tháng 1 năm 1967, mọi công tác chuẩn bị của ta đã hoàn thành.
