Chúng nhất định tìm mọi cách để phản công quyết liệt hòng tiêu diệt lực lượng cách mạng và giành lại chính quyền ở thôn, xã. Chiến tranh sẽ mở rộng, cuộc chiến đấu sẽ ác liệt, phức tạp. Đấu tranh chính trị và đấu tranh vũ trang sẽ diễn ra đồng thời; nhưng từ đây, đấu tranh vũ trang sẽ chuyển sang đóng vai trò ngày càng quyết định.
Kinh nghiệm nhiều cuộc cách mạng cho thấy: Nếu địch chưa bị thất bại về quân sự và còn sử dụng được công cụ bạo lực để chống lại cách mạng thì khởi nghĩa không thể thành công.
Vì vậy, đi đôi với đấu tranh chính trị và binh vận, đấu tranh quân sự trở thành cuộc đọ sức chủ yếu giữa ta và địch. Điều đó đòi hỏi trong thời kỳ này, đi đôi với việc xây dựng lực lượng chính trị và đấu tranh chính trị, phải ra sức xây dựng lực lượng vũ trang bao gồm dân quân du kích ở thôn, xã; bộ đội địa phương tỉnh, huyện; bộ đội chủ lực khu, miền; đồng thời phải đẩy mạnh đấu tranh quân sự của cả tranh chính trị.
Chấp hành Nghị quyết của Bộ Chính trị và sự chỉ đạo của đồng chí Bí thư thứ nhất Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Tổng Quân ủy ra chỉ thị thành lập Quân giải phóng miền Nam Việt Nam. Ngày 15 tháng 2 năm 1961, Quân giải phóng miền Nam chính thức ra mắt tại chiến khu Đ. Như vậy, từ nỗ lực của toàn Đảng, toàn dân, toàn quân, lực lượng vũ trang giải phóng miền Nam đã hình thành đủ ba thứ quân và phát triển nhanh chóng.
Đến cuối năm 1961, du kích tự vệ đã lên tới 10 vạn người. Nhiều xã giải phóng đã thành lập được trung đội du kích tập trung, sử dụng một số súng thu được của địch và vũ khí tự tạo. Đây là lực lượng nòng cốt của phong trào đấu tranh vũ trang kết hợp với đấu tranh chính trị ở xã, ấp, đồng thời là lực lượng chiến đấu quan trọng và là nguồn bổ sung thường xuyên cho các đơn vị vũ trang tập trung.
Bộ đội địa phương, tỉnh, huyện và bộ đội chủ lực khu có 24.500 cán bộ, chiến sĩ. Mỗi huyện đều xây dựng được các trung đội bộ đội địa phương, có huyện tổ chức đến đại đội. Các tỉnh có từ một đến hai đại đội, có tỉnh lập đến cấp tiểu đoàn. Quân số biên chế cho đại đội bộ đội địa phương của tỉnh thường khoảng 100 người.
Bộ đội chủ lực thuộc các khu có đến 11 tiểu đoàn, mỗi tiểu đoàn có khoảng 400 đến 500 quân. Ngày 9 tháng 2 năm 1962, Trung đoàn 1 bộ binh đơn vị chủ lực cơ động đầu tiên trên chiến trường Nam Bộ, chính thức được thành lập tại vùng căn cứ Dương Minh Châu.
Trong tháng 1 năm 1961, để tăng cường chỉ đạo cách mạng miền Nam trong điều kiện giao thông liên lạc giữa hai miền có nhiều khó khăn, Ban Chấp hành Trung ương quyết định thành lập Trung ương Cục miền Nam thay cho Xứ ủy Nam Bộ. Đồng chí Nguyễn Văn Linh được cử làm Bí thư. Tháng 2 năm 1961, Bộ Chính trị quyết định đổi Tổng Quân ủy thành Quân ủy Trung ương và giao cho nhiệm vụ chỉ đạo công tác quân sự ở miền Nam. Cùng với việc củng cố, kiện toàn tổ chức, công tác chi viện sức người, sức của, chi viện vũ khí, trang bị kỹ thuật quân sự cho miền Nam được triển khai kịp thời.
Trước tình thế Mỹ gây ra “chiến tranh đặc biệt”, chủ trương chuyển từ khởi nghĩa từng phần sang chiến tranh cách mạng đã thể hiện quyết tâm tiếp tục cuộc kháng chiến chống xâm lược của Đảng và nhân dân ta. Trong bước chuyển giai đoạn cách mạng đó, nhân dân và các lực lượng vũ trang ta ở miền Nam đã vượt qua mọi khó khăn thử thách, lập nên những chiến công xuất sắc, điển hình như chiến thắng Ấp Bắc, chiến thắng Bình Giã, chiến dịch Ba Gia, chiến dịch Đồng Xoài.
