Công tác rút quân được tiến hành chu đáo, bí mật, nên chỉ trong một đêm, lực lượng ta đã rút ra ngoài an toàn và trở về căn cứ Đồng Tháp Mười. Sáng hôm sau, ngày 3 tháng 1, bộ binh và xe thiết giáp, pháo binh địch chia làm nhiều mũi cùng lúc tiến vào Ấp Bắc, nhưng không gặp sức kháng cự nào, chỉ thấy nhiều xác binh lính ngụy cùng phương tiện chiến tranh của chúng nằm rải rác khắp khu vực Ấp Bắc.
Cuộc hành quân “Đức Thắng 1/13” của địch đã bị thất bại nặng nề: 450 binh lính bị tiêu diệt, trong đó có 11 cố vấn và nhân viên kỹ thuật Mỹ; 5 máy bay bị bắn rơi, 11 chiếc khác bị hư hỏng nặng; 3 xe M113 bị phá hủy, 1 tàu chiến bị bắn chìm, 3 chiếc khác bị hư hỏng. Ta thu trên 100 súng, 3 máy thông tin, 80 dù, chỉ tốn khoảng 5.000 viên đạn để chống lại hàng chục tấn bom đạn, hỏa tiễn của địch.
Thắng lợi của Ấp Bắc không chỉ là thắng lợi của một trận chống càn mà còn là thành công mở đầu đánh bại các biện pháp chiến thuật “trực thăng vận”, “thiết xa vận” của Mỹ - ngụy trong chiến lược “chiến tranh đặc biệt”. Chiến thắng Ấp Bắc đã thể hiện sự lớn mạnh, trưởng thành của lực lượng vũ trang giải phóng miền Nam, chứng tỏ sự giác ngộ chính trị, ý chí quyết tâm chiến đấu cao, nghệ thuật tổ chức chiến đấu tài giỏi của cán bộ, chiến sĩ ta.
Trận Ấp Bắc còn là điển hình của chiến tranh nhân dân, là trận đánh không chỉ có quân chủ lực mà còn có cả quân địa phương tỉnh, huyện và du kích xã, ấp, cả công binh, đặc công; không chỉ có lực lượng cầm súng mà còn có đông đảo đội quân đấu tranh chính trị của các xã Mỹ Hạnh Đông, Mỹ Hạnh Trung, Mỹ Phước Tây, lực lượng của Châu Thành, Cai Lậy, Mỹ Tho cùng tiến công. Nhờ sự kết hợp chặt chẽ giữa hoạt động vũ trang, đấu tranh chính trị và binh vận nên cùng với chiến thắng Ấp Bắc, nhân dân thị xã Mỹ Tho và các vùng lân cận đã bao vây bức hàng, bức rút 45 đồn bốt, uy hiếp 55 đồn khác, phá banh 69 ấp chiến lược, giải phóng hoàn toàn 55 xã khỏi ách kìm kẹp của địch.
Chiến thắng Ấp Bắc gây tiếng vang lớn trong phong trào đấu tranh cách mạng của toàn miền Nam, là mốc lịch sử quan trọng đánh dấu sự phát triển cả về số lượng cũng như chất lượng của cuộc kháng chiến, là kết quả của sự vận dụng tốt ba mũi giáp công: Quân sự, chính trị, binh vận trong đánh địch. Đây cũng là lần đầu tiên ta đánh thắng các chiến thuật chiến tranh dựa trên vũ khí và trang bị kỹ thuật quân sự hiện đại của Mỹ.
Tuy nhiên, giá trị thắng lợi của trận Ấp Bắc không chỉ có ý nghĩa về mặt chiến thuật mà còn có ý nghĩa cả về mặt chiến lược, như đồng chí Lê Duẩn đã khẳng định: Sau Ấp Bắc của ta, đế quốc Mỹ bắt đầu thấy rằng chúng khó thắng được ta. Chiến thắng Ấp Bắc đã trở thành nơi khởi phát phong trào thi đua diệt giặc lập công, đẩy mạnh các hoạt động tác chiến đánh quân chủ lực ngụy, đồng thời phá ấp chiến lược trên khắp các địa phương miền Nam.
Cùng với chiến thắng Ấp Bắc, thắng lợi của quân và dân miền Nam trên các chiến trường đã tác động sâu sắc đến chế độ Sài Gòn, khoét sâu mâu thuẫn trong nội bộ địch. Tại các trung tâm đô thị lớn, cuộc đấu tranh của nhân dân đô thị nói chung và của lực lượng tôn giáo nói riêng làm mâu thuẫn trong nội bộ địch thêm sâu sắc. Từ lễ Phật đản năm 1963, Ngô Đình Diệm thẳng tay đàn áp phong trào Phật giáo, song lại làm cho phong trào đấu tranh của Phật giáo và các tầng lớp nhân dân ta trong hầu hết các thành phố ở miền Nam chống chế độ Ngô Đình Diệm lên đến đỉnh cao. Nhiều nhà sư đã tự thiêu để phản đối chính sách tàn bạo của Diệm. Chế độ độc tài gia đình trị Ngô Đình Diệm bị cô lập hơn bao giờ hết. Sự bất lực trong cai trị của Ngô Đình Diệm đã dẫn đến quyết định “thay ngựa giữa đường” của Mỹ. Lực lượng đảo chính ngày 1 tháng 11 năm 1963 đã giết chết anh em Diệm, Nhu.
Thay Diệm, Nhu bằng lực lượng khác, Mỹ hy vọng sẽ làm cho việc chống phá cách mạng có hiệu quả hơn. Nhưng, thực tế không diễn ra như Mỹ mong muốn. Cuộc đảo chính đã làm cho chế độ Sài Gòn lâm vào khủng hoảng triền miên. Chỉ trong khoảng thời gian không đầy hai năm sau đảo chính tháng 11 năm 1963 đã có 10 cuộc đảo chính khác liên tục diễn ra. Sự xâu xé trong nội bộ ngụy quyền tạo điều kiện cho lực lượng cách mạng phát triển mạnh mẽ, cả về đấu tranh quân sự và đấu tranh chính trị; còn đế quốc Mỹ rơi vào thế lúng túng, bị động, phải rút bỏ Hiến chương Vũng Tàu, chương trình ấp chiến lược bị phá sản.
Sau khi Kennơđi bị ám sát, Giônxơn lên làm Tổng thống Mỹ. Để đối phó với tình hình chiến trường ngày càng bất lợi cho Mỹ - ngụy, Giônxơn quyết định mở rộng chiến tranh ở Việt Nam. Kế hoạch Giônxơn - Mắc Namara được vạch ra, trong đó Mỹ sẽ tăng cường viện trợ cho chính quyền Sài Gòn, nâng số ngụy quân lên 50 vạn tên, đồng thời ráo riết chuẩn bị để tiến hành leo thang chiến tranh phá hoại ra miền Bắc.
Để đối phó với âm mưu mới của địch, Trung ương Đảng và Quân ủy Trung ương xác định phải tăng cường phòng thủ miền Bắc, đẩy mạnh cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước ở miền Nam. Hai nhiệm vụ đó gắn với nhau và tác động lẫn nhau trong tiến trình phát triển của cách mạng Việt Nam. Tháng 12 năm 1963, Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương lần thứ chín (khóa III) đã họp để chỉ đạo cách mạng miền Nam.
Hội nghị chỉ ra những điều kiện để quân dân miền Nam vươn lên giành những thắng lợi có ý nghĩa quyết định, đồng thời sẵn sàng đánh thắng địch khi chúng mở rộng quy mô chiến tranh. Tháng 9 năm 1964, Bộ Chính trị nhận định tình hình, đánh giá khả năng phản ứng của địch và quyết nghị chủ trương mới cho cách mạng miền Nam: Trên cơ sở nắm vững quan điểm trường kỳ, cần tập trung mọi khả năng để giành những thắng lợi quyết định trong vài năm tới.
