Một là, nguyên tắc cơ bản, toàn diện. Tổ chức hoạt động thực tiễn quốc phòng an ninh gắn với phát triển kinh tế - xã hội phải được thực hiện một cách toàn diện, cơ bản, lâu dài ngay từ trong chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội, tăng cường quốc phòng an ninh trên phạm vi cả nước, từng vùng, từng ngành và ở từng địa phương. Đây là nguyên tắc bao trùm, xuyên suốt phục vụ công tác chỉ đạo, quản lý điều hành của Nhà nước.
Trước hết, nguyên tắc này chỉ đạo công tác điều hành, quản lý vĩ mô về kết hợp chặt chẽ việc thực hiện hai nhiệm vụ chiến lược trong phát triển kinh tế - xã hội và tăng cường quốc phòng - an ninh của đất nước, chỉ ra đối tượng, không gian, thời gian kết hợp. Đồng thời, nguyên tắc này còn chỉ rõ trong xây dựng từng thành tố của nền quốc phòng, nền an ninh cũng như trong thực hiện từng nhiệm vụ quân sự, quốc phòng hoặc an ninh đều phải gắn kết và hướng tới phục vụ sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội bền vững.
Hai là, nguyên tắc có trọng tâm, trọng điểm. Tổ chức hoạt động thực tiễn quốc phòng - an ninh gắn với phát triển kinh tế - xã hội phải tập trung có trọng điểm, quan tâm đầu tư cho những vùng, địa bàn chiến lược trọng yếu (nhất là các vùng Tây Bắc, Tây Nguyên và Tây Nam Bộ), những ngành, những lĩnh vực hoạt động kinh tế - xã hội quan trọng của đất nước.
Nguyên tắc này chỉ ra phương thức phát triển kinh tế - xã hội gắn với tăng cường quốc phòng - an ninh, đồng thời thể hiện nghệ thuật lãnh đạo, chỉ đạo tổ chức thực hiện xây dựng khu vực phòng thủ “vững toàn diện, mạnh trọng điểm”. Việc xây dựng từng thành tố của nền quốc phòng, an ninh cũng như thực hiện từng nhiệm vụ quân sự, quốc phòng cũng đều phải được tiến hành theo nguyên tắc có trọng tâm, trọng điểm.
Ba là, nguyên tắc tính kế hoạch. Tổ chức hoạt động thực tiễn quốc phòng an ninh gắn với phát triển kinh tế - xã hội phải có các phương án, kế hoạch sẵn sàng điều chỉnh thích ứng với thời chiến và ứng phó thắng lợi với mọi tình huống chiến lược xảy ra trong thời bình, hạn chế tổn thất, thiệt hại do cả thiên tai và địch hoạ.
Nguyên tắc này thể hiện tính tích cực, chủ động, linh hoạt, sáng tạo trong công tác chỉ đạo của Đảng và Nhà nước ta, cũng như trong tổ chức thực hiện từng nhiệm vụ quân sự, quốc phòng, an ninh cụ thể. Tuy không muốn có chiến tranh, song tình hình thế giới còn nhiều bất trắc khó lường buộc chúng ta phải tính đến các tình huống chiến lược cả trước mắt và lâu dài, phục vụ cho mục tiêu, yêu cầu đánh thắng mọi kẻ thù xâm lược trong chiến tranh bảo vệ Tổ quốc.
Bốn là, nguyên tắc phát huy sức mạnh tổng hợp. Tổ chức hoạt động thực tiễn quốc phòng - an ninh gắn với phát triển kinh tế - xã hội là sự nghiệp của hệ thống chính trị và toàn dân, của mọi ngành, mọi cấp, mọi thành phần kinh tế... do Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, với một hệ thống cơ quan tham mưu có năng lực, trách nhiệm tốt và một hệ thống pháp luật, chính sách đồng bộ, phù hợp trong thời kỳ mới.
Nguyên tắc này thể hiện sự phân công, phân nhiệm đối với các chủ thể của nền quốc phòng, an ninh. Xây dựng nền quốc phòng, an ninh nói chung và tổ chức thực hiện từng nhiệm vụ quốc phòng, an ninh nói riêng do lực lượng vũ trang làm nòng cốt, song không thể chỉ là trách nhiệm riêng của lực lượng vũ trang mà là trách nhiệm chung của xã hội.
Năm là, nguyên tắc giải quyết hài hoà các mối quan hệ. Tổ chức hoạt động thực tiễn quốc phòng an ninh gắn với phát triển kinh tế - xã hội phải chú trọng nắm vững và giải quyết tốt các mối quan hệ: quan hệ giữa đổi mới, ổn định và phát triển; giữa đổi mới kinh tế và đổi mới chính trị; giữa kinh tế thị trường và định hướng xã hội chủ nghĩa; giữa phát triển lực lượng sản xuất và xây dựng, hoàn thiện từng bước quan hệ sản xuất xã hội chủ nghĩa; giữa tăng trưởng kinh tế và phát triển văn hóa, thực hiện tiến bộ và công bằng xã hội; giữa xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc xã hội chủ nghĩa; giữa độc lập, tự chủ và hội nhập quốc tế; giữa Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ. một cách không phiến diện, cực đoan, duy ý chí.
Nguyên tắc này thể hiện tính toàn diện, đồng bộ và tổng hợp của công tác tổ chức, nhất là đối với các nhiệm vụ quốc phòng và an ninh - một trụ cột bảo đảm môi trường hòa bình, ổn định cho sự nghiệp đổi mới, phát triển đất nước.
Những nguyên tắc trên hợp thành một thể thống nhất trong lãnh đạo, chỉ đạo việc tổ chức thực hiện hoạt động thực tiễn quốc phòng an ninh gắn với phát triển kinh tế - xã hội. Trong mối quan hệ đó, xây dựng đất nước, phát triển kinh tế - xã hội là nhiệm vụ trung tâm, giữ vai trò quyết định, tạo tiền đề và làm cơ sở để củng cố, tăng cường quốc phòng - an ninh. Ngược lại, củng cố, tăng cường quốc phòng - an ninh vững mạnh sẽ là điều kiện giữ vững hòa bình, ổn định, tạo môi trường thuận lợi cho xây dựng đất nước, phát triển kinh tế - xã hội, bảo vệ vững chắc độc lập chủ quyền, an ninh quốc gia và chế độ xã hội chủ nghĩa.
Đó là hệ thống nguyên tắc để các cấp, các ngành, nhất là các địa phương, cơ sở nhận thức đúng đắn mối quan hệ giữa xây dựng với bảo vệ Tổ quốc, phát triển kinh tế - xã hội gắn với tăng cường quốc phòng - an ninh trong thời kỳ mới để tổ chức xây dựng nền quốc phòng, nền an ninh và thực hiện các nhiệm vụ cụ thể.
