Phó tướng Đề đốc Hứa Thế Hanh và các tổng binh gồm tướng Tiên Phong Trương Triều Long, tướng Tả dực Thượng Duy Thăng đóng giữ ở Ngọc Hồi, vừa để đề phòng vừa chuẩn bị tiếp tục tiến công sau Tết. Như vậy, thế trận của địch vẫn là tiếp tục triển khai đội hình tiến công hành tiến, tuy có tạm dừng chân và lập đồn lũy phòng vệ. Với đội hình ấy, các tướng giặc những tưởng nắm chắc quyền chủ động trong mọi tình thể và đắc ý cho quân sĩ thả sức nghỉ ngơi, ăn Tết.
Khi đã chiếm đóng thành Thăng Long và một bộ phận đất Bắc Hà, Tôn Sĩ Nghị buông lỏng cho quân kéo nhau đi cướp bóc, hãm hiếp, giết người, gây nhiều tội ác tày trời đối với dân chúng, rồi lại cho quân lùng bắt những người trước đây đã hợp tác với Tây Sơn. Hàng ngày, số bị bắt và bị giết có tới ba, bốn chục người. Trong khoảng một tháng, số người bị giết lên tới hàng nghìn. Người Hoa vốn đang trú ngụ ở Thăng Long, Kinh Bắc, Phố Hiến,... cũng được quân xâm lược dung túng cho ỷ thế làm cản, ngang nhiên ức hiếp, cướp bóc, vu hại người dân Nam lương thiện.
Bè lũ Lê Chiêu Thống bám gót quân xâm lược trở về kinh thành đã hiện nguyên hình là những tên bù nhìn đốn mạt. Ngay cả sử quan nhà Lê cũng phải than thở rằng nước Nam ta từ khi có đế, có vương đến nay, chưa bao giờ có một ông vua luồn cúi đê hèn đến như thế. Bè lũ Lê Chiêu Thống còn dựa thế quân Thanh để lo trả thù báo oán một cách đđ tiện, dã man và tìm cách bắt dân chúng cung đốn cho quân xâm lược. Người dân Bắc Hà đã mấy năm liền mất mùa, nay lại càng khốn khổ vì nạn đốc quân lương của Lê Chiêu Thống. Càng ngày, bộ mặt thật của vua tôi bù nhìn cũng như dã tâm quỷ quyết của quân xâm lược Mãn Thanh càng lộ rõ.
Người dân Thăng Long - Bắc Hà càng thêm căm thù quân cướp nước và bán nước, tất cả hướng về ngọn cờ cứu nước của Quang Trung - Nguyễn Huệ và sẵn sàng cùng với quân Tây Sơn giải phóng quê hương đất nước. Đó là cơ sở chính trị quan trọng để phong trào Tây Sơn phát huy cao độ sức mạnh đoàn kết toàn dân, vươn lên hoàn thành sứ mạng đánh quân xâm lược, bảo vệ độc lập dân tộc.
Tại Phú Xuân, ngày 22 tháng 12 năm 1788, sau khi nhận được tin cấp báo về việc quân Thanh xâm lược nước ta, Nguyễn Huệ liền làm lễ lên ngôi hoàng đế, lấy hiệu là Quang Trung để thống nhất lòng người và nêu cao danh nghĩa quang minh chính đại của cuộc chiến tranh giải phóng đất nước. Ngay sau buổi lễ, vua Quang Trung thống suất đại quân theo các đường thủy, bộ tiến gấp ra Bắc lúc bấy giờ chỉ có vài vạn quân, gồm cả bộ binh, kỵ binh, tượng binh và thủy binh.
Đến Nghệ An, Nguyễn Huệ - Quang Trung cho quân dùng lại hơn 10 ngày để tuyển thêm đình tráng. Hàng vạn người hhng hhi gia nhập quân ngũ. Tổng số quân lên tới 10 vạn, chia thành năm doanh. Một cuộc duyệt binh lớn đã được tổ chức tại thành Nghệ An. Tiếp đó, trên đường hành quân qua Thanh Hóa, nghĩa quân Tây Sơn lại được bổ sung nhiều đinh tráng tự nguyện tòng quân diệt giặc, cứu nước.
Hoàng đế Quang Trung vừa cử người đưa thư đến Tôn Sĩ Nghị giả cách xin đầu hàng để khích giặc, vừa tổ chức lễ Thệ sự nhằm động viên sĩ khí giết giặc lập công. Tại đây, Quang Trung đã đọc bài "Hịch ra trận” với những lời tuyên bố đanh thép thể hiện cao độ ý chí độc lập tự chủ và quyết chiến, quyết thắng: “Đánh cho để dài tóc, đánh cho để đen răng, đánh cho nó chích luân bất phản, đánh cho nó pphin giáp bất hoàn, đánh cho sử tri Nam quốc anh hùng chi hữu chủ".
Ngày 20 tháng Chạp (tức ngày 15 tháng 1 năm 1789), đại quân Tây Sơn tập kết ở Tam Điệp - Biện Sơn. Sau khi khen ngợi kế hoạch tạm lui binh của Ngô Thì Nhậm, vua Quang Trung tuyên bố chỉ trong 10 ngày có thể đuổi được giặc Thanh. Ngài quyết định đánh đòn bất ngờ và mãnh liệt vào Thăng Long - nơi tập trung hầu hết quân địch, trong đó có cá bộ chỉ huy quân Thanh. và triều đình Lê Chiêu Thống. Đây thực sự là một quyết định mang chiến lược táo bạo, khi đại quân Tây Sơn chỉ có 10 vạn, so với 29 vạn quân Thanh. Tuy nhiên, với tầm nhìn tổng thể sáng suốt Quang Trung - Nguyễn Huệ đã tìm ra những điểm tựa tất yếu chắc chắn sẽ đưa chiến dịch - chiến lược thời kỳ đầu chiến tranh này đến thắng lợi hoàn toàn.
Đại quân được chia thành năm đạo tiến công cùng lúc trên cả ba hướng nam, tây nam và đông bắc thành Thăng Long. Đạo quân trung tâm do Quang Trung trực tiếp chỉ huy đánh chính diện ở hướng chủ yếu, tiêu diệt cụm quân quan trọng của tướng địch Hứa Thế Hanh ở Ngọc Hồi. Đạo quân cơ động gồm kỵ binh và tượng binh do Đô đốc Bảo chỉ huy cũng đánh ở hướng này, song theo đường Sơn Minh ra làng Đại Áng làm nhiệm vụ vu hồi chiến thuật “tiếp ứng cánh hữu”. Đạo quân bộ binh, tượng binh và kỵ binh tinh nhuệ do Đô đốc Long chỉ huy đánh vào hướng tây nam, thực hiện nhiệm vụ vu hồi chiến dịch, theo đường Long Xuyên, qua Chương Đức đến thẳng Nhân Mục, đánh vào Khương Thượng - Đống Đa. Đạo quân kỵ binh nhẹ do Đô đốc Tuyết chỉ huy đánh vu hhô chiến dịch vào mặt đông bắc, có nhiệm vụ “tiếp ứng ccnh tả".
Đạo quân thủy binh do Đô đốc Lộc chỉ huy cũng đánh ở hướng đông bắc, song vượt lên Phượng Nhãn, Yên Thế và Lạng Sơn để chặn đường tháo chạy của quân Mãn Thanh. Ba hướng với năm đạo quân tạo thành thế tiến công bao vây, chia cắt, cô lập và tiêu diệt các cụm quân địch. Thắng lợi chẻ tre đó đúng với sự khẳng định quyết tâm của Quang Trung - Nguyễn Huệ trong buổi tiệc khao quân trước lúc xuất phát tiến công. Như vậy là chỉ trong 35 ngày, kể từ khi tin quân Thanh tràn sang xâm lược được cấp báo về Phú Xuân cho tới ngày đại quân Tây Sơn vượt Gián Khẩu bắt đầu cuộc tiến công ra Thăng Long tiêu diệt giặc. Bộ Chỉ huy quân Tây Sơn do Nguyễn Huệ đứng đấu đã hoàn thành nhiệm vụ chuẩn bị cho cuộc phản công chiến lược này. Thời kỳ đầu chiến tranh, xét đúng nghĩa của nó, cũng chính là sự kết thúc chiến tranh thắng lợi.
Cuộc rút lui chiến lược về Tam Điệp gắn với tên tuổi Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân và Ngô Thì Nhậm. Là một trong số những tướng tài của Nguyễn Huệ, Ngô Văn Sở được giao chỉ huy quân Tây Sơn ở Bắc Hà. Khi quân Thanh tràn sang, trước tình hình phức tạp, ông đã triệu tập hội nghị quân sự cao cấp tại Thăng Long và chấp nhận phương án của Ngô Thì Nhậm - một văn thần mới về với Tây Sơn. Không có Ngô Văn Sở bình tĩnh và công minh, ý kiến xuất sắc của Ngô Thì Nhậm chắc chắn sẽ bị bác bỏ. Phan Văn Lân là phó tướng của Ngô Văn Sở. Khi bàn định kế sách đối phó với quân xâm lược, lúc đầu, ông chủ trương đem quân lên vùng biên giới phía Bắc, bố trí mai phục để chặn đánh, sau đã bình tĩnh lắng nghe, nhận ra sự đúng đắn của Ngô Thì Nhậm và ủng hộ chủ trương tạm lui quân. Ngô Thì Nhậm có tài văn võ, hiểu thế thức thời, đã tìm đến với quân Tây Sơn khi Nguyễn Huệ ra Thăng Long diệt Trịnh.
Trước khi rút về Phú Xuân, Nguyễn Huệ đã căn dặn các tướng lĩnh phải trọng dụng bậc hiền tài “vừa là bề tôi, vừa là khách, lại là dòng văn sĩ Bắc Hà, thông thạo việc đời” này. Ông đã xứng đáng với lòng tin ấy khi đề xuất chủ trương rút quân khỏi Thăng Long. Thực tế trên chiến trường đã chứng minh kế rút quân của ông trong thời kỳ đầu chiến tranh đã tạo bàn đạp xuất phát cho đại quân Tây Sơn giải phóng Thăng Long.
