Phương thức vận hành nền quốc phòng toàn dân là tổng hợp những cách thức, giải pháp lớn của Đảng, Nhà nước nhằm xây dựng tiềm lực quốc phòng, thế trận quốc phòng, lực lượng quốc phòng, giải quyết các mối quan hệ giữa quốc phòng với an ninh, đối ngoại, phát triển kinh tế - xã hội, song chủ yếu diễn ra trong thời bình. Còn phương thức tiến hành chiến tranh nhân dân bảo vệ Tổ quốc là tổng hợp những cách thức, giải pháp lớn của Đảng, Nhà nước nhằm huy động và phát huy sức mạnh tổng hợp của toàn dân, trong đó nòng cốt là lực lượng vũ trang nhân dân, để hiện thực hóa toàn bộ lực lượng, sức mạnh tổng hợp nói trên vào giải quyết những mục tiêu chiến lược của cuộc chiến tranh khi buộc phải tiến hành.
Văn kiện Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ X của Đảng khẳng định: “Đổi mới tổ chức, nội dung, phương pháp huấn luyện, đào tạo đi đôi với cải tiến, đổi mới vũ khí, trang bị, phương tiện phù hợp với yêu cầu tác chiến mới; phát triển khoa học quân sự, khoa học công an, nghệ thuật chiến tranh nhân dân...”. Đại hội XI tiếp tục nhấn mạnh: “Phát triển đường lối, nghệ thuật quân sự chiến tranh nhân dân và lý luận, khoa học an ninh nhân dân”.
Nếu như sức mạnh tổng hợp của chiến tranh nhân dân bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa về cả tiềm lực, thế trận, lực lượng, cách đánh, sự kết hợp sức mạnh dân tộc với sức mạnh thời đại,... được coi là mặt nội dung tiềm tàng thì cần phải có hình thức, phương pháp vận hành phù hợp mới mang lại hiệu quả cao trong tiến hành chiến tranh. Khi mục tiêu, nội dung, tính chất của chiến tranh nhân dân đã được định rõ, lực lượng và sức mạnh của chiến tranh nhân dân đã được chuẩn bị sẵn sàng, thì vấn đề quyết định lại phụ thuộc vào phương thức vận hành thực tiễn, trong đó nghệ thuật tiến hành chiến tranh nhân dân mà nòng cốt là nghệ thuật quân sự Việt Nam hiện đại là trực tiếp nhất.
Mặt khác, cần khẳng định rằng lực lượng và sức mạnh tổng hợp của chiến tranh nhân dân bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa được chuẩn bị từ thời bình bao giờ cũng chỉ là tiền đề. Dù được chuẩn bị kỹ lưỡng đến đâu thì tiền đề ấy cũng chỉ được hiện thực hóa thông qua sự năng động của các chủ thể tiến hành chiến tranh nhằm khai thác, phát huy nhờ một hệ thống phương thức phù hợp, nhờ nghệ thuật tiến hành chiến tranh đã trở thành bản lĩnh của chính đảng cầm quyền và cách thức tổ chức phù hợp của bộ máy quản lý nhà nước.
Hơn nữa, có thể thấy bản thân phương thức, nghệ thuật tiến hành chiến tranh nhân dân bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa cũng cần được chuẩn bị và không ngừng hoàn thiện ngay trong điều kiện thời bình, để khi chiến tranh xảy ra thì chúng ta có thể bước vào cuộc chiến một cách chủ động, không để bất ngờ về chiến lược. Cần chú ý đến một đặc điểm lớn của chiến tranh giải phóng trước đây là chúng ta có điều kiện và thời gian để tiến hành chiến tranh nhân dân theo phương thức vừa tiến hành vừa học hỏi, chuyển hóa dần thế trận, gây dựng dần lực lượng, hoàn thiện dần cách đánh.
Song, đối với chiến tranh nhân dân bảo vệ Tổ quốc lại hoàn toàn khác. Nếu không sớm định hình được phương thức, nghệ thuật tiến hành chiến tranh nhân dân một cách phù hợp, thì không những lúng túng, bị động, không huy động được các tiềm lực đã chuẩn bị, mà còn làm cho bản thân quá trình chuẩn bị tiềm lực cũng trở nên chắp vá, hình thức, và như vậy cơ may chiến thắng quá nhỏ nhoi. Điều đó càng đặc biệt trở nên quan trọng trong điều kiện chiến tranh xâm lược của địch là chiến tranh hiện đại, chiến tranh công nghệ cao, không - thời gian của chiến tranh rất đậm đặc.
Chính vì vậy, tư tưởng chiến tranh nhân dân bảo vệ Tổ quốc, xét về mặt phương thức, nghệ thuật tiến hành chiến tranh, cơ bản phải bao hàm được các khía cạnh: phương thức phát huy sức mạnh của thế trận chiến tranh nhân dân, sức mạnh của lực lượng vũ trang và toàn dân đã chuẩn bị từ thời bình để giải quyết các mục tiêu của chiến tranh; phương thức phát huy nghệ thuật quân sự toàn dân đánh giặc, trong đó cốt lõi là nghệ thuật quân sự đặc sắc của lực lượng vũ trang nhân dân; phương thức kết hợp sức mạnh dân tộc với sức mạnh thời đại và thực hiện bảo vệ Tổ quốc từ xa nhằm huy động và phát huy sức mạnh của các lực lượng ở trong nước và các lực lượng quốc tế.
Để xây dựng phương thức vận hành nền quốc phòng toàn dân đáp ứng đòi hỏi của thời kỳ đầu chiến tranh, trước hết phải đổi mới tư duy lý luận về quân sự, quốc phòng nhằm làm sáng tỏ hơn nữa những vấn đề cơ bản về vũ trang bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa. Tư duy quân sự của chiến tranh giải phóng cần được chuyển sang tư duy quân sự của chiến tranh bảo vệ Tổ quốc; từ đối phó với chiến tranh thông thường sang đối phó với chiến tranh công nghệ cao; từ đối phó với hoạt động quân sự thuần tuý sang đối phó toàn diện với các đòn tiến công của đối phương trên nhiều lĩnh vực: kinh tế, chính trị, tâm lý, tư tưởng, văn hóa, ngoại giao, pháp lý,...
Việc đổi mới tư duy lý luận nói trên một mặt dựa trên cơ sở thấm nhuần chủ nghĩa Mác - Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh, quan điểm của Đảng Cộng sản Việt Nam về đấu tranh vũ trang bảo vệ Tổ quốc xã hội chủ nghĩa, mặt khác kế thừa những kinh nghiệm, giá trị trong thực tiễn lịch sử của một dân tộc có bề dày lịch sử văn hóa quân sự như dân tộc ta. Đổi mới tư duy lý luận quân sự, quốc phòng hiện nay được thể hiện ở đổi mới toàn diện hàng loạt vấn đề rất cơ bản như quan niệm về mạnh và yếu, thắng và thua, quan niệm về không gian và thời gian tác chiến hiện đại, về chiến lược, chiến dịch, chiến thuật,...
