Theo kết quả điều tra, bà Nguyễn Thị Thanh Nhàn, Chủ tịch kiêm Tổng giám đốc AIC (hiện bỏ trốn) được coi là chủ mưu. Bà Nhàn lập ra nhiều công ty “sân sau” để làm quân xanh, tham gia đấu thầu nhưng cố tình đưa giá cao hoặc chuẩn bị hồ sơ không đạt yêu cầu nhằm loại bỏ đối thủ, từ đó hợp thức cho AIC thắng thầu. Báo cáo tài chính của AIC cũng bị làm giả để đủ điều kiện xét thầu.
Với thủ đoạn này, AIC đã giành 230 gói thầu tại TP. HCM, trong đó 134 gói thuộc ngành giáo dục, 94 gói y tế và 2 gói môi trường. Riêng lĩnh vực giáo dục, có 131 gói bị xác định sai phạm, gây thiệt hại hơn 142 tỷ đồng.
Ông Lê Hồng Sơn bị cáo buộc ký nhiều văn bản tham mưu, chỉ đạo chỉ định thầu, định giá, thành lập tổ chuyên gia không đủ tiêu chuẩn. Ngoài ra, ông còn cho phép Phòng GD&ĐT quận 5 triển khai mua sắm thiết bị từ AIC ngay cả khi chưa có kết quả đấu thầu, dẫn tới thiệt hại hàng tỷ đồng. Cách làm này sau đó được áp dụng tại nhiều quận, huyện và trường THPT, khiến sai phạm lan rộng.
Tổng cộng, ông Lê Hồng Sơn phải chịu trách nhiệm về 129 gói thầu sai phạm với số tiền hơn 137 tỷ đồng. Còn ông Lê Hoài Nam, nguyên Phó Giám đốc Sở, bị cáo buộc liên quan tới 89 gói thầu, gây thiệt hại gần 29 tỷ đồng.
Cả hai cùng nhiều cán bộ liên quan hiện bị truy tố về tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng. Quá trình điều tra, ông Sơn và ông Nam thừa nhận thiếu kinh nghiệm, tin tưởng cấp dưới nên dẫn đến sai sót, đồng thời tự nguyện nộp hơn 900 triệu đồng khắc phục hậu quả.
Trong khi đó, một số cán bộ tại Văn phòng UBND TP. HCM và các sở ngành được xác định có tham gia quá trình mua sắm, nhưng do làm theo chỉ đạo, không trục lợi nên chưa bị xử lý hình sự.