Khi nền học thuật dân tộc phát triển do những thành tựu của tiến trình hiện đại hóa thì một thế hệ các nhà Nho học kiêm Tây học, kể từ Lê Thước, Dương Quảng Hàm, Đào Duy Anh, Nguyễn Lân... đã có thể sưu tầm, biên soạn, giới thiệu và nghiên cứu về Nguyễn Trường Tộ trên những di cảo còn giữ được ở các cơ quan lưu trữ của triều đình Huế như Quốc sử quán, Viện Cổ học Huế, Thư viện Bảo Đại, và ở quê hương - nơi gia đình người con trai là Nguyễn Trường Cửu (mất năm 1942), người đã có một bài viết về cha mình trong khoảng 1925-1926.
Sự mất mát một số di cảo là do hoàn cảnh chiến tranh, và đó là một nỗi ân hận lớn đã được Đào Duy Anh - người giữ được khá đầy đủ các bản gốc di cảo Nguyễn Trường Tộ - bày tỏ trong bài Tôi đã mang tội để mất những tài liệu quý về Nguyễn Trường Tộ như thế nào?. Nhưng với những gì còn lại, được sưu tập và công bố trên báo cho quốc dân cùng đọc (chứ không phải chỉ lưu giữ và ngâm trong kho ngót nửa thế kỷ) thì tầm nhìn và tầm vóc Nguyễn Trường Tộ mới thật sự khiến cho ta kinh ngạc; và người đầu tiên nói lên sự ngưỡng mộ Nguyễn - đó là học giả Lê Thước: “Than ôi! Tiên sinh là nhà văn học, một nhà chính trị và cũng là một nhà tân học của nước ta thời cũ. Tư tưởng của người, học thức của người vượt quá xa người đương thời mấy vạn lần. Trong khi người cả nước say sưa lối học khoa cử, chỉ độc một mình tiên sinh xin bãi bỏ. Trong khi người cả nước như ngây như dại đóng cửa tự hào, độc một mình tiên sinh lớn tiếng kêu gào, vạch trần tình hình thế giới. Tiên sinh còn điều trần bao nhiêu vấn đề về nội chính, ngoại giao, không thiếu mưu sâu chước giỏi, không phải không bằng mà còn hơn cả Fukuzawa và Gamayama của Nhật Bản nữa".
Đánh giá như trên của Lê Thước không phải là quá cao. Phải đặt Nguyễn Trường Tộ vào bối cảnh hoạt động của ông mới thấy được tầm cao bất ngờ đó. Rõ ràng ngay từ giữa thế kỷ XIX, đất nước đã xuất hiện một hiện tượng mới là nhân tài Nguyễn Trường Tộ - người có cái nhìn rộng ra cả khu vực và thế giới, nên đã biết nêu gương Nhật Bản, và có khả năng gieo một hạt giống mới, hoặc nhen lên một đốm lửa nhằm đưa đất nước đi theo con đường Nhật Bản. Nhưng hạt giống đã không có đất gieo và ánh sáng đã sớm lụi tắt.
Lịch sử dân tộc thế kỷ XIX đã đi con đường của nó, qua hành trạng và số phận của một vài trí thức lẻ loi, cô đơn như Nguyễn Trường Tộ để cho ta có dịp tiếc nuối cho một khả năng, một cơ hội có thể diễn ra. Khả năng thì có, nhưng cơ hội đã không có.
Nửa cuối thế kỷ XIX khi Pháp thiết lập xong chế độ bảo hộ ở phần đất Nam Kỳ, sẽ xuất hiện Trương Vĩnh Ký (1837-1898), quê ở Bến Tre - người giúp việc Toàn quyền Paul Bert và vua Đồng Khánh, có tư chất một nhà văn hóa, để khởi động nền văn chương - học thuật Việt Nam hiện đại; người vào những năm cuối đời cũng đã phải sống trong tâm thế dằn vặt: “Cuốn sổ bình sanh công với tội?”
So với Trương Vĩnh Ký - người của Nam Kỳ, dẫu chỉ hơn 9 tuổi, và là người xứ Nghệ, Nguyễn Trường Tộ vẫn là con người của văn hóa truyền thống. Ông viết sớ, tấu, làm thơ Đường; chủ trương xây dựng chữ Hán Quốc âm, thay cho chữ Hán và Nôm; trong khi Trương Vĩnh Ký đã vừa chủ trì Gia Định báo (1861), vừa viết những áng văn xuôi Quốc ngữ đầu tiên như Chuyến đi Bắc Kỳ năm Ất Hợi (1876).
Nguyễn Trường Tộ (cũng như Trương Vĩnh Ký) đều là người của một thời khó khăn cho kẻ sĩ của đất nước. Nhất là những kẻ sĩ có nhân thân đặc biệt. Trong hai vai phải đóng, một là Nho sĩ một là Giáo sĩ, mà không thể chỉ chọn một, ông đã bị dồn thúc từ hai phía. Nhưng bằng sự khéo léo và thông minh, và với lòng yêu nước, ông đã tìm được một lối đi cho riêng mình, để không trở thành nạn nhân giữa hai chiến tuyến. Chọn tư cách nào để nói về ông? Một nhà bách khoa có óc thực tiễn. Một người yêu nước có tri thức hiện đại. Một nhà cải cách không hoặc chưa có hoàn cảnh để thực thi các ý tưởng của mình. Xét từ nguồn gốc xuất thân, môi trường đào tạo và bối cảnh thời cuộc, ông đã bứt ra khỏi những hạn chế và ràng buộc, để có một tầm vóc lớn trong tư thế sinh bất phùng thời.
Trước ông ít lâu, tất nhiên là trong một bối cảnh khác, và theo một mô hình khác - đó là Nguyễn Công Trứ và Cao Bá Quát.
