Bác sĩ nội trú từ lâu được xem là lực lượng tinh hoa của ngành y, song số lượng đào tạo mỗi năm vẫn khá khiêm tốn so với nhu cầu thực tế. Theo Bộ Y tế, đến hết năm 2025 cả nước có hơn 8.400 bác sĩ nội trú tốt nghiệp, chỉ chiếm khoảng 4% tổng số bác sĩ ra trường hằng năm, trong khi nhiều bệnh viện tuyến trung ương và địa phương vẫn thiếu nguồn nhân lực chất lượng cao.
Không chỉ thiếu về số lượng, chất lượng đào tạo giữa các cơ sở cũng được đánh giá còn có sự chênh lệch. Theo GS.TS Lê Ngọc Thành, Hiệu trưởng Trường Đại học Y Dược (Đại học Quốc gia Hà Nội), hiện hai trường là Đại học Y Hà Nội và Đại học Y Dược TP.HCM đào tạo hơn 70% bác sĩ nội trú trên cả nước, nhưng chưa có một chuẩn thống nhất để bảo đảm chất lượng đầu ra giữa các cơ sở.
Đây là một trong những lý do Bộ Y tế xây dựng dự thảo Thông tư mới nhằm thay thế quy định đã áp dụng gần 20 năm qua. Nếu được ban hành, nhiều quy định sẽ thay đổi từ khâu tuyển sinh đến tổ chức đào tạo.

Điểm đáng chú ý đầu tiên là quy định về dự tuyển. Dự thảo đề xuất bỏ giới hạn 27 tuổi đối với người thi bác sĩ nội trú. Thay vào đó, bác sĩ được đăng ký dự tuyển trong vòng 12 tháng kể từ khi tốt nghiệp đại học. Mỗi thí sinh vẫn chỉ được dự thi một lần nhưng sẽ không còn áp dụng chế độ ưu tiên như trước.
Ở góc độ đào tạo, Bộ Y tế cũng chuyển mạnh sang cơ chế trao quyền tự chủ cho các trường đại học. Thay vì phải trình Bộ phê duyệt chương trình, danh sách tốt nghiệp hay trúng tuyển như hiện nay, các cơ sở đào tạo sẽ chủ động xây dựng chương trình trên cơ sở chuẩn chung và tự chịu trách nhiệm về chất lượng.
Đi kèm với quyền tự chủ là yêu cầu cao hơn về điều kiện đào tạo. Mỗi chương trình phải có giám đốc phụ trách, đội ngũ giảng viên đáp ứng tiêu chuẩn chuyên môn, cơ sở thực hành đủ năng lực và hệ thống kiểm soát chất lượng rõ ràng. Các trường cũng phải công khai chuẩn đầu ra và toàn bộ điều kiện bảo đảm chất lượng để người học theo dõi.
Dự thảo cũng mở thêm cơ hội đối với học viên thay vì chỉ áp dụng quy định buộc thôi học như trước. Người không đạt yêu cầu sau các lần đánh giá có thể được xem xét chuyển sang chương trình đào tạo bác sĩ chuyên khoa cùng chuyên ngành nếu đáp ứng các điều kiện đầu vào, qua đó tránh lãng phí nguồn nhân lực đã được đào tạo.

Một thay đổi khác là chương trình sẽ linh hoạt hơn về phương thức tổ chức. Các trường có thể đào tạo theo tín chỉ hoặc niên chế với thời gian tối thiểu ba năm tùy từng chuyên ngành. Trong quá trình học, học viên phải tham gia nghiên cứu khoa học hoặc có công trình được công bố trên các tạp chí chuyên ngành.
Đáng chú ý, kết quả đào tạo sẽ gắn với kỳ đánh giá năng lực hành nghề theo Luật Khám bệnh, chữa bệnh. Đây được xem là "chốt kiểm định" cuối cùng trước khi bác sĩ đủ điều kiện hành nghề, góp phần thống nhất chất lượng đầu ra trên phạm vi cả nước.
Cùng với dự thảo Thông tư, Bộ Y tế cũng lần đầu ban hành danh mục thống nhất gồm 51 chương trình đào tạo bác sĩ nội trú và bác sĩ chuyên khoa thuộc các lĩnh vực y khoa, y học dự phòng, y học cổ truyền và răng hàm mặt. Theo cơ quan soạn thảo, việc chuẩn hóa chương trình và đổi mới cơ chế đào tạo được kỳ vọng sẽ nâng cao chất lượng đội ngũ bác sĩ chuyên sâu, đáp ứng nhu cầu ngày càng lớn của hệ thống khám chữa bệnh trong những năm tới.