Theo luật, các chương trình đào tạo cấp văn bằng gồm: đào tạo cử nhân; đào tạo thạc sĩ (hoặc tích hợp đại học – thạc sĩ); đào tạo tiến sĩ (hoặc tích hợp thạc sĩ – tiến sĩ). Người học sẽ được cấp văn bằng tương ứng với trình độ hoàn thành.
Riêng chương trình đào tạo chuyên sâu sau đại học thuộc lĩnh vực sức khỏe – gồm bác sĩ nội trú, bác sĩ chuyên khoa – sẽ do Bộ Y tế hướng dẫn, tổ chức thực hiện và quản lý. Bộ trưởng Giáo dục và Đào tạo Nguyễn Kim Sơn cho biết, việc giao Bộ Y tế quản lý nhằm đảm bảo yêu cầu về chuyên môn và tính đặc thù của ngành y.
Chính phủ đánh giá đội ngũ bác sĩ chuyên khoa và bác sĩ nội trú có năng lực cao, đóng góp quan trọng cho công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân. Tuy nhiên, việc công nhận văn bằng này tương đương thạc sĩ hoặc tiến sĩ là không phù hợp, do không có cơ sở khoa học và không có tiền lệ quốc tế. Tại nhiều quốc gia, hệ thống giáo dục phân biệt rõ đào tạo học thuật (thạc sĩ, tiến sĩ) với đào tạo thực hành đặc thù như bác sĩ nội trú, chuyên khoa I, chuyên khoa II. Các chương trình y khoa này được thừa nhận là đào tạo thực hành chuyên sâu nhưng không thuộc hệ thống học vị sau đại học.
Hiện ngành y vẫn đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ và bổ nhiệm các chức danh học thuật theo quy định chung, vì vậy Chính phủ thống nhất giao Bộ Y tế quản lý toàn bộ chương trình chuyên sâu sau đại học lĩnh vực sức khỏe.
Đối với tổ chức hệ thống giáo dục đại học, Luật Giáo dục Đại học (sửa đổi) tiếp tục quy định cơ sở giáo dục đại học là đơn vị thuộc hệ thống giáo dục quốc dân, có tư cách pháp nhân và hoạt động theo luật. Các loại hình gồm trường đại học (hoặc học viện), đại học, đại học quốc gia và đại học vùng.
Với quy định này, Quốc hội quyết định giữ lại mô hình đại học vùng, thay vì bỏ như một số ý kiến đề xuất trước đó. Luật khẳng định đại học vùng có sứ mạng đào tạo nhân lực trình độ cao, phát triển nhân tài, nghiên cứu khoa học, đổi mới sáng tạo và chuyển giao tri thức; đồng thời tập hợp nguồn lực, liên kết vùng và hỗ trợ phát triển kinh tế – xã hội.
