Việc thu, chi và quản lý tài chính được các cơ sở đào tạo trong Quân đội thực hiện theo Quyết định của Chính phủ về khung học phí, mức học phí; hướng dẫn của Liên cục Tài chính - Nhà trường về việc thực hiện quản lý, thu, chi học phí cho các học viện, các cơ sở đào tạo trong Quân đội được giao nhiệm vụ tham gia đào tạo, phát triển nguồn nhân lực phục vụ sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước. “Từ nguồn thu này, các học viện, trường đã đầu tư trở lại vào trang thiết bị đào tạo từ 40 đến 45% tổng số thu hàng năm”. Ngoài phần thu học phí theo quy định “Hằng năm được Nhà nước cấp hỗ trợ ngân sách cho các trường tham gia đào tạo, phát triển nguồn nhân lực phục vụ công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước”.
Được sự quan tâm của Chính phủ, các bộ, ngành liên quan, hệ thống nhà trường Quân đội được tăng mức đầu tư cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị đào tạo theo kế hoạch giai đoạn 2011-2015; tập trung đầu tư các phòng học chuyên ngành; từng bước chuẩn hoá cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị đào tạo khối cơ bản, cơ sở và một số ngành cho các học viện, trường. Nhiều cơ sở đào tạo trong Quân đội tham gia đào tạo, phát triển nguồn nhân lực dân sự có cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị đào tạo hiện đại như: Học viện Kỹ thuật Quân sự đã có “một cơ sở vật chất hiện đại với: trên 70 phòng thí nghiệm; 44 phòng học trang bị, phòng chuyên dùng; trên 1.000 trang thiết bị thí nghiệm; 2.938 phương tiện đo lường và 2.192 trang bị công nghệ thông tin phục vụ đào tạo. Trong số 168 phòng học có 51 phòng học được lắp đặt hệ thống âm thanh, trang bị 111 máy chiếu; 31 phòng học được lắp đặt hệ thống camera. Hệ thống thư viện hiện đại với
Học viện Quân y, ngoài thực hiện nhiệm vụ đào tạo cán bộ, nhân viên quân y, còn tham gia đào tạo nguồn nhân lực cho ngành y tế: bác sĩ tuyến cơ sở phía bắc từ năm 1996, phía nam từ năm 1999, bác sĩ dài hạn từ năm 2002; bác sĩ cử tuyển cho các tỉnh Tây Nguyên từ năm 2004; đào tạo bác sĩ theo địa chỉ cho các tỉnh Bắc Cạn, Yên Bái từ năm 2009. Tính đến năm 2019, Học viện Quân y đào tạo được gần 90.000 cán bộ, nhân viên chuyên môn kỹ thuật y - dược, trong đó: 1.000 tiến sĩ; hơn 3.700 thạc sĩ; hơn 7.000 bác sĩ CKI, CKII, bác sĩ nội trú; gần 28.000 bác sĩ đa khoa và dược sĩ đại học; gần 55.000 nhân viên y tế, góp phần quan trọng vào chiến lược phát triển y tế của Nhà nước và làm nghĩa vụ quốc tế.
Sau 70 năm xây dựng, phát triển Học viện Quân y được Bộ Giáo dục và đào tạo đánh giá là cơ sở đào tạo có chất lượng cao, cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị đào tạo hiện đại, đội ngũ giảng viên giỏi, có mối quan hệ quốc tế sâu rộng trong đào tạo, nghiên cứu khoa học với hơn 10 nước trên thế giới. Đặc biệt, trong thời kỳ đổi mới, Học viện luôn quán triệt, triển khai thực hiện hiệu quả nghị quyết, chỉ thị của Ðảng, Nhà nước, Quân ủy Trung ương, Bộ Quốc phòng về công tác giáo dục và đào tạo; từng bước xây dựng chính quy, hiện đại, hòa nhập cùng hệ thống giáo dục quốc dân. Công tác đào tạo, phát triển nguồn nhân lực ngành y - dược có bước tiến vượt bậc; quy mô, loại hình đào tạo được mở rộng với nhiều trình độ đào tạo từ trình độ trung cấp, cao đẳng, đại học và sau đại học. Năm 2014, Học viện Quân y được công nhận là một trong 17 trường trọng điểm quốc gia, một trung tâm lớn, có uy tín về đào tạo cán bộ, nhân viên chuyên môn kỹ thuật chuyên ngành y - dược của Quân đội, đào tạo, phát triển nguồn nhân lực ngành y - dược theo nhiệm vụ công nghiệp hóa, hiện đại hóa của đất nước và giúp hai nước bạn Lào, Cămphuchia.
