Một trong những điểm đáng chú ý là các trường phổ thông có nhiều cấp học với quy mô từ 40 lớp trở lên sẽ được bố trí tối đa 3 phó hiệu trưởng. Đây là nhóm đơn vị được áp dụng cơ chế riêng do khối lượng công tác quản lý lớn hơn so với các trường thông thường.
Ngoài lĩnh vực giáo dục, bệnh viện từ hạng I trở lên và các đơn vị y tế tuyến tỉnh hạng I làm nhiệm vụ kiểm soát, phòng chống dịch bệnh cũng thuộc diện được bố trí tối đa 3 cấp phó.
Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập còn lại do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên hoặc tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, số lượng cấp phó sẽ phụ thuộc vào quy mô nhân sự. Cụ thể, đơn vị có không quá 20 viên chức được bố trí tối đa 2 cấp phó; nếu vượt mốc này có thể được bố trí tối đa 3 cấp phó.
Trong khi đó, nhiều đơn vị sự nghiệp trực thuộc sở, chi cục hoặc các tổ chức hành chính thuộc UBND cấp tỉnh và cấp xã vẫn giữ giới hạn không quá 2 cấp phó. Với các đơn vị đã thực hiện tự chủ hoàn toàn về tài chính, số lượng lãnh đạo sẽ căn cứ vào đề án tự chủ được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt thay vì áp dụng khung chung.
Nghị định mới cũng quy định rõ việc tổ chức các phòng chuyên môn. Phòng có từ 7 đến dưới 10 người làm việc được bố trí 1 cấp phó, còn phòng có từ 10 người trở lên được bố trí tối đa 2 cấp phó. Đồng thời, việc thành lập phòng phải đáp ứng yêu cầu về phạm vi công việc và quy mô nhân sự theo quy định.
Đối với những đơn vị đang có số lượng cấp phó vượt mức sau khi thực hiện sắp xếp tổ chức, cơ quan quản lý phải xây dựng lộ trình điều chỉnh. Chậm nhất sau 5 năm kể từ thời điểm quyết định tổ chức lại có hiệu lực, số lượng cấp phó phải được đưa về đúng khung quy định.
Nghị định 299/2026 có hiệu lực từ ngày 28/7, đồng thời thay thế các quy định trước đây tại Nghị định 120/2020 và Nghị định 283/2025 về tổ chức đơn vị sự nghiệp công lập.
