Sau khi kết thúc thời gian đăng ký và điều chỉnh nguyện vọng, thí sinh bước vào một trong những khâu quan trọng của mùa tuyển sinh là nộp lệ phí xét tuyển. Theo hướng dẫn của Bộ Giáo dục và Đào tạo, việc thanh toán được thực hiện hoàn toàn trực tuyến trên Hệ thống hỗ trợ tuyển sinh thông qua Cổng Dịch vụ công quốc gia và phải hoàn thành trước 17h ngày 21/7.
Để tránh tình trạng lượng truy cập tăng đột biến, Bộ Giáo dục và Đào tạo phân chia thời gian thanh toán theo từng nhóm địa phương. Vì vậy, thí sinh cần theo dõi đúng lịch của tỉnh, thành nơi đăng ký hồ sơ để thực hiện trong thời gian quy định.
Lệ phí được tính theo số lượng nguyện vọng mà thí sinh đã đăng ký. Hệ thống hỗ trợ nhiều phương thức thanh toán như quét mã QR, tài khoản ngân hàng, ví điện tử và các cổng thanh toán trung gian. Trường hợp chưa có điều kiện tự thanh toán, thí sinh có thể nhờ người thân hoặc giáo viên hỗ trợ ngay trên tài khoản đăng ký xét tuyển.

Bộ Giáo dục và Đào tạo cũng lưu ý, nếu đăng nhập nhưng chưa thấy xuất hiện chức năng "Thanh toán", thí sinh không nên lo lắng bởi có thể chưa đến thời gian thanh toán của địa phương hoặc hệ thống đang tạm thời ẩn tính năng để điều tiết lưu lượng truy cập.
Trong trường hợp gặp lỗi do hệ thống xử lý đồng thời nhiều giao dịch, thí sinh không nên liên tục đăng nhập hoặc thao tác nhiều lần mà nên chờ khoảng 30 phút rồi thực hiện lại để tránh phát sinh lỗi.
Để việc thanh toán diễn ra thuận lợi, Bộ khuyến nghị thí sinh ưu tiên sử dụng máy tính hoặc thiết bị có màn hình đủ lớn, dùng trình duyệt Google Chrome hoặc Firefox phiên bản mới nhất và chỉ đăng nhập tài khoản trên một thiết bị tại cùng một thời điểm.
Việc hoàn tất nộp lệ phí đúng hạn là điều kiện để các nguyện vọng được ghi nhận hợp lệ và tham gia quá trình xét tuyển. Sau khi kết thúc giai đoạn thanh toán và lọc ảo, các cơ sở đào tạo sẽ công bố điểm chuẩn đợt 1 trước 17h ngày 13/8. Thí sinh trúng tuyển phải xác nhận nhập học trực tuyến trước 17h ngày 21/8 nếu có nguyện vọng theo học.