Quân ta dừng lại bên bờ sông Bạch Hạc để làm lễ tuyên thệ, nguyện một lòng trung thành báo đền ơn vua, nợ nước, rồi tiếp tục rút lui về hội quân với triều đình ở mạn hạ lưu sông Hồng. Trên hướng nam đạo quân Toa Đô từ Chiêm Thành tiến công ra vùng Nghệ An. Quân ta chiến đấu quyết liệt nhưng không cản được địch. Một bộ phận quân Toa Đô tiến ra Thanh Hóa.
Tại đây, bọn Trần Kiện trong tay có 1 vạn quân đã hàng giặc. Cuộc chiến đấu của quân ta do Thượng tướng Trần Quang Khải chỉ huy vì thế càng gặp nhiều khó khăn. Quân ta phải tạm thời tổ chức rút lui chiến lược để bảo toàn lực lượng.
Trong vùng địch chiếm đóng ở Thăng Long cũng như các địa phương khác, nhân dân ta khắp nơi thực hiện “thanh dã” (vườn không nhà trống), triệt nguồn cướp lương thực của địch. Sau lưng địch, các đội dân binh phối hợp chặt chẽ với một bộ phận phân tán tại chỗ của quân đội, ngày đêm hoạt động ráo riết, liên tiếp đánh vào căn cứ đóng quân và các đội đi cướp lương, gây cho dịch tổn thất thường xuyên.
Đặc biệt quân dân Thăng Long đã hoạt động ráo riết, tiến công vào đường vận chuyển giữa đại bản doanh của địch với hậu phương chiến lược của chúng, tập kích các mục tiêu của địch trong kinh thành và chặn đánh quân địch nống ra ngoài để càn quét và cướp lương thảo. Thoát Hoan ra sức củng cố vùng chiếm đóng.
Trên con đường từ biên giới Lạng Sơn đến Thăng Long, chúng lập các trại quân và trạm ngựa để kiểm soát vùng bị chiếm, bảo đảm giao thông liên lạc với hậu phương và làm căn cứ cướp bóc lương thực trong dân.
Cứ 30 dặm chúng lập một trại, 60 dặm dựng một trạm ngựa. Quân xâm lược buộc phải rải một số quân ngày càng lớn để đối phó với những hoạt động của các lực lượng tại chỗ. Sức tiến công của chúng ngày càng giảm sút. Thêm vào đó, thời tiết chuyển dần sang mùa hè làm cho quân lính phương Bắc ốm đau ngày càng nhiều.
Như vậy, thời kỳ đầu chiến tranh, bằng cuộc rút lui chiến lược tài tinh và sức mạnh kháng chiến của toàn dân, quân dân là không những bảo toàn và phát triển được lực lượng kháng chiến mà còn dần dần đẩy địch vào tình trạng thể yếu, lực suy, do đó đã sáng tạo ra thời cơ thực hành phản công chiến lược.
Trong điều kiện phải lấy yếu đánh mạnh, lấy nhỏ đánh lớn Quốc công Tiết chế Trần Quốc Tuấn và vua Trần đã chủ trương tránh những trận đánh bất lợi cho ta; tùng bước lui quân, tổ thức lại thế trận, tích cực tạo thế có lợi để khi thời cơ đến đánh một đòn quyết định.
Nhằm tạo thể, tạo thời cơ để chuyển sang phần tiến công, tiêu diệt địch, đánh bại cuộc chiến tranh xâm lược của chúng. Tháng 5 năm 1285, từ Thanh Hóa, Trần Quốc Tuấn dẫn quân ra Bắc, bất ngờ tiến công mãnh liệt vào hệ thống phòng thủ của địch ở phía nam kinh thành Thăng Long, tách đạo quân Toa Đô khỏi đạo quân Thoát Hoan.
Dưới sự chỉ đạo tài tình của Trần Quốc Tuấn, quân Trần đã tiêu diệt địch ở căn cứ A Lỗ, Hàm Tử, Tây Kết, đập tan phòng tuyến sông Hồng, phá thế liên kết của địch tại Thăng Long và tại Thiên Trường - Trường Yên.
Sau những trận phản công đầu tiên thắng lợi, nhà Trần đã chọn Chương Dương - Thăng Long là trận then chốt quyết định thắng lợi của cuộc kháng chiến chống quân xâm lược Mông - Nguyên.
