Theo định hướng của Bộ GD&ĐT, việc tổ chức lại các cơ sở giáo dục phải bảo đảm phù hợp với chiến lược phát triển đất nước, đồng thời tạo ra những trường đại học có năng lực đào tạo thực chất, quy mô đủ lớn, nguồn lực tập trung và khả năng đáp ứng nhu cầu nhân lực trong dài hạn.
Bộ Giáo dục cũng khẳng định, không đánh giá các trường dựa trên khả năng tự chủ tài chính đơn thuần, mà xem xét tổng thể vai trò, vị trí và đóng góp của từng cơ sở trong hệ thống giáo dục quốc gia. Thay vì áp dụng một tiêu chí cứng nhắc cho mọi trường, Bộ Giáo dục đưa ra 5 nhóm tiêu chí làm căn cứ phân loại, đánh giá và quyết định phương án sắp xếp phù hợp với từng loại hình cơ sở giáo dục.
Trước hết là tiêu chí về điều kiện và chuẩn chất lượng. Những trường không còn đáp ứng yêu cầu pháp lý tối thiểu để duy trì hoạt động, hoặc mở – duy trì ngành đào tạo khi chưa đủ điều kiện, sẽ phải được xem xét tổ chức lại. Đặc biệt, các cơ sở chưa đạt chuẩn trường đại học sẽ không được “đứng ngoài” quá trình này.
Tiếp đến là cơ cấu ngành, lĩnh vực đào tạo. Bộ Giáo dục cho rằng tình trạng đào tạo dàn trải, nhiều ngành nhưng quy mô nhỏ, nghiên cứu thiếu chiều sâu đang làm phân tán nguồn lực. Vì vậy, các cơ sở có hoạt động đào tạo nghiên cứu manh mún, hiệu quả thấp ở nhiều lĩnh vực sẽ thuộc diện rà soát, tiến tới giảm dần mô hình trường đơn ngành, trừ các lĩnh vực có tính đặc thù như quốc phòng, an ninh, y tế hay nghệ thuật.
Một tiêu chí quan trọng khác là mức độ gắn kết với chức năng quản lý nhà nước và nhu cầu đặc thù của từng ngành, từng địa phương. Những cơ sở đào tạo không còn phù hợp với nhiệm vụ, chức năng mà bộ, ngành hoặc địa phương giao phó sẽ phải được đánh giá lại vai trò tồn tại trong hệ thống.
Bộ cũng đặc biệt lưu ý tới tính thiết yếu của lĩnh vực đào tạo. Các ngành học không còn nhu cầu xã hội, nhiều năm không tuyển sinh được, hoặc hoàn toàn có thể thay thế bởi những cơ sở khác có chất lượng tốt hơn, sẽ là đối tượng cần tính đến phương án sắp xếp, hợp nhất hoặc chấm dứt hoạt động.
Riêng với các cơ sở giáo dục thuộc Bộ Quốc phòng và Bộ Công an, hai bộ này được trao quyền chủ động xây dựng lộ trình sắp xếp, bảo đảm phù hợp với yêu cầu nhiệm vụ đặc thù, nhưng vẫn phải đáp ứng nguyên tắc tinh gọn và hiệu quả.

Về hình thức triển khai, Bộ GD&ĐT không áp đặt một phương án duy nhất. Các trường có thể được tái cấu trúc nội bộ, tiếp tục duy trì nhưng buộc phải có kế hoạch phát triển rõ ràng, chuyển giao cơ quan chủ quản, hợp nhất với cơ sở khác hoặc giải thể nếu không còn đáp ứng yêu cầu.
Đáng chú ý, với những trường chưa đạt chuẩn nhưng được phép tiếp tục hoạt động, cơ quan quản lý trực tiếp phải cam kết đầu tư, nâng cấp theo lộ trình cụ thể để đạt chuẩn trước năm 2030. Sau mốc thời gian này, Bộ Giáo dục khẳng định sẽ xử lý dứt điểm các trường không đáp ứng yêu cầu, tránh kéo dài tình trạng tồn tại hình thức.
Bộ GD&ĐT yêu cầu các bộ, ngành và địa phương khẩn trương xây dựng phương án sắp xếp, gửi báo cáo đúng thời hạn, coi đây là một bước then chốt trong việc làm mới hệ thống giáo dục đại học, chuyển từ mở rộng số lượng sang nâng cao chất lượng và hiệu quả thực chất.