Vị Hiệu trường đầu tiên, cũng được coi là người sáng lập trường là Bác sĩ, nhà vi khuẩn học người Pháp gốc Thụy Sĩ Alexandre Yersin. Ông được Toàn quyền Đông Dương lúc bấy giờ là Paul Doumer mời ra Hà Nội và bổ nhiệm làm Hiệu trường trường Y khoa Đông Dương (sau này là Y Hà Nội). Nhận nhiệm vụ, Bác sĩ Yersin đã xây dựng chương trình, giáo trình theo mẫu của Đại học Y khoa Pháp và trực tiếp giảng dạy cho sinh viên.
Từ khi thành lập năm 1902 đến tận năm 1945, khi Cách mạng Tháng Tám thành công, nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ra đời, sự “cầm trịch” của người Pháp với ngôi trường đào tạo ngành Y hàng đầu của Việt Nam mới kết thúc. Cũng sau năm 1945, trường Đại học Y - Dược Đông Dương được đổi tên thành trường Đại học Y - Dược khoa, sau này là trường Đại học Y Hà Nội.
Mặc dù vậy, nhưng cũng không thể phủ nhận công sức của những bác sĩ người Pháp này cho nền móng trường Y nói riêng cũng như Y học nước nhà nói chung, là cái nôi của nhiều bác sĩ, nhà khoa học nổi tiếng Việt Nam thời bấy giờ. Có thể kể đến như bác sĩ Hồ Đắc Di (sau này là hiệu trưởng Việt đầu tiên của trường Đại học Y Hà Nội).
