Để đáp ứng yêu cầu quản lý, bảo vệ chủ quyền vùng biển, đảo rộng lớn, ngày 8/12/1990, Phó Đô đốc Hoàng Hữu Thái, quyền Tư lệnh Hải quân ký quyết định sắp xếp, chấn chỉnh tổ chức biên chế Vùng 3 Hải quân, theo đó Tiểu đoàn Bảo đảm kỹ thuật 354 được thành lập.
Tiểu đoàn 354 có nhiệm vụ: Bảo quản, bảo dưỡng trang thiết bị, vũ khí, khí tài, đạn dược các loại; lắp ráp kiểm tra, chuẩn bị các loại vũ khí; khí tài, đạn đặc chủng cho các đơn vị Hải quân khu vực Đà Nẵng, Cam Ranh (Khánh Hòa) theo mệnh lệnh.
Thời gian đầu thành lập, đơn vị đóng quân trên địa bàn rộng, phân tán ở hai tỉnh Khánh Hòa và Quảng Nam - Đà Nẵng. Đội ngũ cán bộ, nhân viên kỹ thuật, phương tiện đi lại và cơ sở vật chất còn nhiều khó khăn. Tuy nhiên, với ý chí quyết tâm cao, đơn vị đã đoàn kết, phát huy dân chủ, tập trung trí tuệ, sức mạnh tập thể, lãnh đạo thực hiện tốt các nhiệm vụ được giao.
Sau 4 năm thành lập, xuất phát từ yêu cầu xây dựng lực lượng, nhiệm vụ bảo vệ vùng biển, đảo của Tổ quốc, Tiểu đoàn 354 có bước phát triển mới.
Ngày 22/4/1994, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ký quyết định nâng cấp Tiểu đoàn BĐKT 354 thành Trung tâm BĐKT 354 (tương đương cấp trung đoàn) trực thuộc Vùng 3. Đây là sự kiện đặc biệt quan trọng, đánh dấu sự lớn mạnh và trưởng thành của Trung tâm; khẳng định vị trí, vai trò, tầm quan trọng của đơn vị trong công tác BĐKT cho nhiệm vụ huấn luyện, SSCĐ Sẵn sàng chiến đấu) của Vùng 3 và Quân chủng.
Giai đoạn 1994-2000, Trung tâm vừa xây dựng vừa củng cố lực lượng sẵn sàng chiến đấu, tổ chức bảo quản, bảo dưỡng, bảo đảm vũ khí trang bị kỹ thuật (VKTBKT), phục vụ các lực lượng của Quân chủng và Vùng 3 bảo vệ vùng biển miền Trung.
Cùng với đó, đơn vị đẩy mạnh hoạt động công tác đảng, công tác chính trị (CTĐ, CTCT), giữ vững trận địa tư tưởng; coi trọng công tác bảo đảm hậu cần, kỹ thuật qua đó không ngừng nâng cao sức mạnh chiến đấu, khả năng SSCĐ, hệ thống cơ sở hạ tầng, nhà ở, nơi làm việc ở các trạm từng bước được củng cố, các loại VKTBKT, nhất là đạn đặc chủng được đội ngũ kỹ sư, thợ kỹ thuật của đơn vị nghiên cứu, làm chủ, bảo đảm đầy đủ, kịp thời cho các nhiệm vụ huấn luyện, SSCĐ.
Công tác bảo quản, bảo dưỡng, kiểm tra, niêm cất vũ khí đặc chủng cũng được Trung tâm duy trì và thực hiện có nền nếp, khoa học, hiệu quả ngày càng cao. Từ kinh nghiệm đúc rút qua nhiều năm làm công tác BĐKT, Trung tâm đã tích cực áp dụng các giải pháp kỹ thuật mới, tổ chức triển khai chuẩn bị tên lửa, ngư lôi phục vụ bắn tập bảo đảm chất lượng tốt. Các lần tổ chức diễn tập lớn của Quân chủng và Vùng 3, Trung tâm 354 đều hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ.
Từ năm 2011 đến 2020, trước yêu cầu nhiệm vụ bảo vệ Tổ quốc trong tình hình mới, Trung tâm tiếp nhận Kho vũ khí đạn 718 và Kho Vật tư Kỹ thuật 714. Nhiệm vụ của Trung tâm ngày càng nặng nề hơn khi phải quản lý, bảo đảm an toàn tuyệt đối hệ thống gần 100 kho, xưởng, hàng nghìn tấn vũ khí đạn dược, vật tư kỹ thuật các loại... để đáp ứng yêu cầu đó, đơn vị đã đẩy mạnh công tác huấn luyện, coi trọng huấn luyện cán bộ, huấn luyện chuyên môn kỹ thuật, huấn luyện làm chủ VKTBKT, đến nay, đơn vị đã cơ bản làm chủ được các loại VKTBKT hiện có, nhiều nội dung làm chủ ở mức độ sâu, chủ động trong sửa chữa, khắc phục hỏng hóc.
Tháng 12/2020, dịp kỷ niệm 30 năm Ngày thành lập Trung tâm Bảo đảm kỹ thuật 354, thực hiện quyết định của Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam nâng cấp Trung tâm Bảo đảm kỹ thuật 354 lên tương đương cấp Lữ đoàn và đổi tên thành Trung tâm Bảo đảm kỹ thuật Vùng 3 Hải quân.
Trước yêu cầu mới của nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền biển, đảo, giai đoạn 2019-2024 Trung tâm phát triển vững mạnh, tiếp nhận, quản lý, huấn luyện làm chủ nhiều loại TBKT mới, hiện đại.
Cùng với đó, đơn vị luôn chú trọng huấn luyện kỹ thuật cho các đối tượng về bảo quản, bảo dưỡng TBKT mới, huấn luyện bổ sung các kíp trắc thủ chuẩn bị tên lửa, ngư lôi bắn tập, thủy lôi thả tập; huấn luyện cho lực lượng thực hiện nhiệm vụ đảo xếp đạn, sửa chữa vũ khí; huấn luyện xử lý đạn cấp 5, đẩy mạnh ứng dụng khoa học công nghệ, chuyển đổi số vào công tác quản lý, khai thác và huấn luyện kỹ thuật.
Ngoài ra, hàng năm, Trung tâm còn tổ chức tiếp nhận, cấp phát hàng trăm tấn VKTBKT, vật tư kỹ thuật; dồn dịch, bảo quản, bảo dưỡng, phân cấp chất lượng, thanh xử lý vũ khí, đạn đúng quy định, an toàn tuyệt đối.
Phong trào nghiên cưu khoa học, sáng kiến, cải tiến kỹ thuật được CBCS trong toàn Trung tâm hưởng ứng mạnh mẽ. Nhiều sáng kiến, cải tiến kỹ thuật khi ứng dụng vào thực tiễn đã góp phần nâng cao chất lượng huấn luyện, SSCĐ, rút ngắn thời gian khai thác, làm chủ TBKT.
Từ năm 2018-2024, đơn vị đã có 31 sáng kiến cải tiến kỹ thuật, trong đó có 25 sáng kiến đạt giải cấp Bộ Quốc phòng, Quân chủng Hải quân và cấp Vùng.
Nhờ triển khai tốt các giải pháp nâng cao chất lượng công tác bảo đảm TBKT, Trung tâm luôn hoàn thành tốt các nhiệm vụ, hệ số kỹ thuật luôn đạt và vượt chỉ tiêu trên giao từ 3-5%; bảo đảm đầy đủ, kịp thời số lượng, chất lượng VKTBKT cho các nhiệm vụ của Vùng 3 và Quân chủng Hải quân.
Trải qua 34 năm xây dựng, phát triển và trưởng thành, từ Tiểu đoàn BĐKT 354 đến nay đã trở thành Trung tâm BĐKT (tương đương cấp lữ đoàn) quản lý một khối lượng lớn các loại đạn đặc chủng, vật tư kỹ thuật với hàng nghìn chủng loại, yêu cầu kỹ thuật cao.
Bằng trí tuệ, tài năng, cán bộ, chiến sĩ Trung tâm BĐKT hôm nay đang ra sức thi đua, nêu cao tinh thần đoàn kết, khắc phục khó khăn, quyết tâm xây dựng đơn vị VMTD “mẫu mực, tiêu biểu” gắn với xây dựng Đảng bộ TSVM tiêu biểu, hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao, góp phần cùng các lực lượng bảo vệ vững chắc chủ quyền biển, đảo của Tổ quốc.
Trung tâm BĐKT Vùng 3 được tặng Huân chương Chiến công hạng Ba (2000); Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Ba (2020); Cờ thưởng luân lưu của Bộ Quốc phòng (1996, 1997); Bằng khen của Bộ Tư lệnh Quân chủng (1996, 1997); Cờ Đơn vị Quyết thắng của Bộ Tư lệnh Quân chủng (2012); Cờ Thi đua xuất sắc của Bộ Tư lệnh Quân chủng (2015, 2022).
