Từ thập niên 70 của thế kỷ trước, cố Bộ trưởng Bộ у tế Việt Nam ᴠà cố Lương у Nguуễn Triều – Hiệu trưởng trường thuốc Tuệ Tĩnh đã đưa ra ý tưởng thành lập Hội Nam nhưng do nhiều уếu tố nên Hội chưa đủ điều kiện thành lập. Tuy nhiên, ngàу naу, theo хu thế của Y học thế giới, con người quaу trở lại ѕử dụng những ѕản phẩm Y học cổ truуền haу còn gọi là Y học bản địa. Trước thời cơ thuận lợi nàу thì Hội Nam у Việt Nam được thành lập. Hội được thành lập theo Quyết định số 852/QĐ-BNV ngày 17/03/2017 của Bộ Nội Vụ. Sau hơn 5 năm đi vào hoạt động, Hội Nam y Việt Nam đã kết nạp được đông đảo các Chi hội Nam y tại khắp cả nước và tiếp tục sứ mệnh gìn giữ, phát huy giá trị y học cổ truyền dân tộc. Nhiệm vụ của Hội là phát triển, ứng dụng thuốc nam vào chăm sóc sức khỏe, điều trị các bệnh nan y, mãn tính.
Trong đại dịch Covid - 19, Hội đã phối hợp với nhiều tổ chức xã hội và địa phương thực hiện nhiều chương trình nhân đạo xã hội: quyên góp mua Vac xin phòng chống Covid - 19, tổ chức chuyến xe nghĩa tình, quyên góp hơn 300 tấn lương thực với tổng số tiền hơn 40 tỷ đồng. Ngoài ra Hội hỗ trợ đồng bào miền Trung bị lũ lụt, tổ chức thực hiện hoạt động tư vấn sức khỏe khám chữa bệnh bằng thuốc Nam miễn phí cho cộng đồng ở nhiều vùng trong cả nước.
Trong nhiệm kỳ đầu, Thầy thuốc Ưu tú, Lương y, Dược sĩ chuyên khoa 2 Nguyễn Đức Đoàn – Chủ tịch Hội Nam y Việt Nam đã tặng danh hiệu thầy thuốc nam tiêu biểu năm 2020 cho 175 hội viên; danh hiệu chiến sĩ thi đua cấp Hội cho 96 hội viên; tặng bằng khen của Hội cho 48 tập thể, cờ thi đua cho 11 tập thể và bằng khen cho 423 hội viên, tặng kỷ niệm chương “Vì sự phát triển y học cổ truyền Việt Nam” cho 22 hội viên; tặng bằng khen cho 17 tập thể, 184 hội viên và 21 chức sắc của Tịnh Độ Cư sĩ Phật hội Việt Nam đã có những đóng góp vào chương trình chung tay phòng, chống dịch Covid - 19 và sử dụng thuốc nam chăm sóc sức khỏe cộng đồng.
Đại hội bầu ra Ban chấp hành nhiệm kỳ II (2022 - 2027) với Chủ tịch mới là Thầy thuốc nhân dân, GS.TS Trương Việt Bình, Giám đốc Học viện Y Dược học cổ truyền Việt Nam đồng thời thông qua quyết định đổi tên “Hội Nam y Việt Nam” thành “Hội Y dược cổ truyền Việt Nam”.
Trong nhiệm kì mới Đại hội sẽ tập trung hoàn thiện hệ thống tổ chức hiện đại hóa và hiệu quả, phát huy giá trị các công tác nghiên cứu khoa học, khai thác các đề tài thuốc Nam được Hội đồng Khoa học thẩm định để ứng dụng thực tiễn, ứng dụng công nghệ thông tin hiện đại vào quá trình hỗ trợ điều trị bệnh, xây dựng thương hiệu Y dược cổ truyền Việt Nam ngày càng vững mạnh.
