Bộ GD-ĐT cho rằng, trong quá trình tổ chức kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021, Bộ GD-ĐT đã ghi nhận một số yếu tố không bình thường liên quan đến việc luyện thi và đề thi môn Sinh học. Tháng 8-2021, lãnh đạo Bộ GD-ĐT đã chỉ đạo kiểm tra vấn đề này, đồng thời đã chủ động phối hợp cùng cơ quan công an thành lập Tổ công tác liên ngành để xác minh, làm rõ các yếu tố liên quan đến vụ việc. Bộ GD-ĐT đã tích cực phối hợp, làm việc cùng cơ quan điều tra của Bộ Công an về vấn đề này.
Kết quả xác minh, điều tra về vụ việc cho thấy có dấu hiệu vi phạm trong công tác xây dựng ngân hàng câu hỏi và ra đề thi môn Sinh học kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021. Do đó, ngày 10-6-2022, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Theo đó, cơ quan công an đã khởi tố bị can đối với bà Phạm Thị My (59 tuổi, cựu giáo viên Đại học Sư phạm Hà Nội) và ông Bùi Văn Sâm (73 tuổi, cựu giáo viên Đại học Sư phạm Hà Nội) cùng tội danh như trên.
Hiện Bộ GD-ĐT đang tiếp tục phối hợp với Bộ Công an xem xét trách nhiệm cá nhân, tổ chức có liên quan để xử lý theo quy định của pháp luật. Đồng thời, lãnh đạo Bộ GD-ĐT đã triển khai rà soát, điều chỉnh các khâu có liên quan, tăng cường công tác chỉ đạo, kiểm tra tới tất cả các khâu của kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2022, hướng tới mục tiêu các kỳ thi được triển khai chặt chẽ, hiệu quả, an toàn.
Liên quan đến vụ việc này, bà Phạm Thị My và ông Bùi Văn Sâm đều là cựu giáo viên Đại học Sư phạm Hà Nội. Theo quyết định khởi tố vụ án hình sự "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ", bà My bị bắt tạm giam còn ông Sâm được áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú. Hành vi sai phạm cụ thể của các bị can chưa được công bố. Trong kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021, ông Sâm là thành viên tổ thẩm định để thi môn Sinh học, bà My là tổ trưởng tổ ra đề môn Sinh học.
Trước đó, sau khi kết thúc kỳ thi năm 2021, sự việc trùng đề thi được thầy Đinh Đức Hiền, giáo viên Toán - Sinh phát hiện hồi tháng 7-2021.
Theo phản ánh, đề thi tốt nghiệp THPT 2021 môn Sinh học có nhiều phần trùng lặp với nội dung ôn tập cho học sinh của thầy Phan Khắc Nghệ, Hiệu phó Trường THPT chuyên Hà Tĩnh. Thầy Đinh Đức Hiền hai lần gửi thư tố giác đến Bộ GD-ĐT vào tháng 7 và 11-2021.
Biên bản làm việc của Bộ GD-ĐT tháng 8-2021 đã nêu, các câu hỏi trong 4 mã đề thô đều trùng nhau theo thứ tự các câu tương ứng, đồng thời khác biệt hẳn với các câu hỏi trong 12 mã đề không được chọn.
Đây là điều bất thường vì nếu tổ hợp đề được chọn ngẫu nhiên từ máy tính thì không thể có hiện tượng này. Cùng với đó, các câu hỏi trong 4 mã đề thô "trùng lặp rất lớn" với nội dung ôn tập của thầy Nghệ. Cụ thể, trong tổng 40 câu của từng mã đề thô được chọn, 39 câu trùng (tỷ lệ 97,5%). Trong 39 câu trùng này, 37 câu trùng ở cả 4 mã đề.
Bên cạnh đó, biên bản còn đề cập có email trao đổi giữa thầy Phan Khắc Nghệ với Tổ trưởng tổ ra đề thi môn Sinh và thành viên Tổ thẩm định đề thi môn Sinh từ năm 2016-2018 và 2021.
Cho đến thời điểm này, thầy Phan Khắc Nghệ, Phó Hiệu trưởng Trường THPT Chuyên Hà Tĩnh luôn khẳng định không liên quan đến sự việc trên.