Quyền Bộ trưởng Hoàng Minh Sơn phụ trách toàn diện hoạt động của Bộ
Theo quyết định phân công, Quyền Bộ trưởng Bộ GD-ĐT Hoàng Minh Sơn chịu trách nhiệm lãnh đạo, quản lý toàn diện hoạt động của Bộ theo quy định của Luật Tổ chức Chính phủ, quy chế làm việc của Chính phủ và các văn bản pháp luật liên quan.
Quyền Bộ trưởng trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực: chiến lược và quy hoạch phát triển giáo dục; công tác tổ chức cán bộ; kế hoạch – tài chính và đầu tư công; cơ sở vật chất và thiết bị trường học; xã hội hóa giáo dục; thi đua, khen thưởng; pháp chế; công tác kiểm tra; cải cách hành chính; báo chí – truyền thông; khoa học, công nghệ, chuyển đổi số và ứng dụng công nghệ thông tin trong giáo dục.
Quyền Bộ trưởng trực tiếp phụ trách các đơn vị gồm: Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Kế hoạch – Tài chính, Cục Khoa học, Công nghệ và Thông tin, Ban Quản lý các dự án Bộ GD-ĐT; đồng thời theo dõi hoạt động của nhiều cơ sở giáo dục đại học như Đại học Quốc gia Hà Nội, Đại học Quốc gia TP.HCM, Đại học Đà Nẵng, Đại học Huế, Đại học Thái Nguyên, Đại học Bách khoa Hà Nội, Đại học Cần Thơ, Đại học Kinh tế Quốc dân và Đại học Kinh tế TP.HCM.
Ngoài ra, Quyền Bộ trưởng theo dõi chung các thành phố trực thuộc Trung ương gồm Hà Nội, TP.HCM, Hải Phòng, Cần Thơ, Đà Nẵng và Huế; đồng thời thực hiện nhiệm vụ thành viên Chính phủ và các nhiệm vụ khác theo phân công của Chính phủ, Thủ tướng.

Thứ trưởng Thường trực Phạm Ngọc Thưởng
Thứ trưởng Thường trực Phạm Ngọc Thưởng phụ trách các lĩnh vực: giáo dục phổ thông, giáo dục mầm non; bảo đảm và kiểm định chất lượng giáo dục phổ thông; phân luồng và hướng nghiệp học sinh; phát triển đội ngũ nhà giáo, cán bộ quản lý và viên chức ngành giáo dục; giáo dục trẻ khuyết tật và trẻ em có hoàn cảnh khó khăn; công tác phụ nữ và bình đẳng giới của ngành.
Ông cũng phụ trách công tác quản lý văn bằng, chứng chỉ trong hệ thống giáo dục quốc dân; chứng chỉ do nước ngoài cấp thuộc phạm vi quản lý của Bộ; tổ chức thi đánh giá năng lực ngoại ngữ theo Khung năng lực ngoại ngữ 6 bậc dùng cho Việt Nam; thi đánh giá năng lực tiếng Việt cho người nước ngoài; liên kết tổ chức thi cấp chứng chỉ ngoại ngữ của nước ngoài tại Việt Nam và công nhận văn bằng, chứng chỉ.
Bên cạnh đó, Thứ trưởng Phạm Ngọc Thưởng tham gia chỉ đạo xây dựng và triển khai quy chế thi tốt nghiệp THPT, thi chọn học sinh giỏi quốc gia; theo dõi việc thực hiện quy chế thi tại các cơ sở giáo dục phổ thông và chỉ đạo công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo của Bộ.
Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc
Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc phụ trách các lĩnh vực: giáo dục đại học; bảo đảm và kiểm định chất lượng giáo dục đại học; giáo dục quốc phòng và an ninh; chuyển đổi số và ứng dụng công nghệ thông tin trong các lĩnh vực được phân công.
Ông tham gia chỉ đạo việc thực hiện các quy định về điều kiện đầu tư và hoạt động của các cơ sở giáo dục đại học; chỉ đạo một số nhiệm vụ của công tác khoa học và công nghệ; thực hiện chế độ, chính sách đối với công chức, viên chức thuộc phạm vi quản lý của Bộ; đồng thời chỉ đạo công nhận các kỳ thi Olympic thuộc các môn Toán, Vật lý, Hóa học, Cơ học, Tin học và một số chuyên ngành khác ở bậc đại học.
Thứ trưởng Lê Quân
Thứ trưởng Lê Quân phụ trách các lĩnh vực: giáo dục nghề nghiệp; giáo dục thường xuyên; bảo đảm và kiểm định chất lượng giáo dục nghề nghiệp và giáo dục thường xuyên; công tác chính trị tư tưởng; công tác học sinh, sinh viên; giáo dục thể chất; hợp tác quốc tế; công tác dân vận và thực hiện quy chế dân chủ ở cơ sở.
Bên cạnh đó, Thứ trưởng Lê Quân tham gia chỉ đạo việc thực hiện các quy định về điều kiện đầu tư và hoạt động của các cơ sở giáo dục nghề nghiệp; quản lý nhà nước đối với các hội, hiệp hội và quỹ hoạt động trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo.