Chương trình bác sĩ nội trú được xem là bậc đào tạo khó nhất của sinh viên y khoa sau khi tốt nghiệp, nhằm hình thành đội ngũ bác sĩ giỏi, có năng lực thực hành trong bệnh viện. Bộ Y tế đánh giá đây là lực lượng nòng cốt để nâng cao chất lượng ngành Y. Hiện cả nước có 13 cơ sở đào tạo, trong đó Đại học Y Hà Nội là trường lâu đời nhất (từ năm 1974).
Đại học Y Hà Nội: Năm 2025 tuyển 426 chỉ tiêu cho 38 chuyên ngành, trong đó 402 chỉ tiêu thuộc trường, còn lại phân bổ cho phân hiệu Thanh Hóa, Sở Y tế Lào Cai và Bệnh viện Trung ương Thái Nguyên. Học phí dao động 24,7–32,6 triệu đồng/học viên cho mỗi 5 tháng học.
Đại học Y Dược (ĐHQG Hà Nội): Tuyển 165 chỉ tiêu cho 13 chuyên ngành. Học phí năm học đầu là 74,6 triệu đồng, các năm tiếp theo thực hiện theo quy định hiện hành.
Đại học Y Dược TP.HCM: Tuyển 279 chỉ tiêu cho 28 chuyên ngành. Học phí dao động 46,6–66,5 triệu đồng/năm, trong đó Y khoa, Răng Hàm Mặt và Dược học có mức cao nhất.
Đại học Y Dược Thái Bình: Tuyển 71 chỉ tiêu cho 4 chuyên ngành. Học phí khoảng 7,7 triệu đồng/tháng.
Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch: Tuyển 11 chuyên ngành, điều kiện dự thi là bác sĩ đa khoa chính quy, tốt nghiệp năm 2025 đạt loại khá trở lên. Học phí năm 2025–2026 chưa công bố, năm trước ở mức 63 triệu đồng/năm.
Đại học VinUni: Tuyển 40 chỉ tiêu cho 5 chuyên ngành. Đây là trường tư có mức học phí cao nhất, lên tới 932,4 triệu đồng/năm. Tuy nhiên, từ năm 2025, học viên trúng tuyển có cơ hội được miễn học phí và nhận hỗ trợ tài chính từ hệ thống Y tế Vinmec.
Theo quy định, thí sinh dự thi bác sĩ nội trú phải tốt nghiệp đại học hệ chính quy loại khá trở lên, tuổi không quá 27, đủ sức khỏe, không vi phạm kỷ luật trong quá trình học. Kỳ thi tuyển được đánh giá khắt khe hơn so với chương trình thạc sĩ hay chuyên khoa I, và mỗi thí sinh chỉ được thi duy nhất một lần.
