Thanh tra Chính Phủ cũng làm việc với các bệnh viện: Bạch Mai, Chợ Rẫy, Việt Đức, K, Nhi Trung ương, Trung ương Huế, Thống Nhất, Tim Hà Nội, Nhân dân 115, Mắt Trung ương và Ung bướu TPHCM.
Theo kết luận thanh tra, Bộ Y tế có nhiều sai phạm trong công tác quản lý Nhà nước. Trong đó, công tác quản lý giá trang thiết bị, vật tư y tế còn yếu kém; việc thẩm định, phê duyệt kế hoạch đấu thầu mua sắm còn hạn chế.
Bên cạnh đó, Bộ Y tế có sai phạm trong việc cấp giấy phép nhập khẩu thiết bị y tế, có dấu hiệu lợi ích nhóm và dấu hiệu vi phạm hình sự.
Tại Bệnh viện Bạch Mai, Bộ Y tế cho phép cơ sở này mời thầu mua thuốc thí điểm cho nhà thuốc bệnh viện năm 2018, 2019 đối với 2/3 gói thầu theo tên thương hiệu là trái quy định.
Tại các bệnh viện trên, Thanh tra Chính phủ phát hiện những cơ sở y tế này sử dụng thuốc khám chữa bệnh bảo hiểm y tế không đúng chỉ định. Một số bệnh viện không làm thủ tục thanh toán cho người bệnh có bảo hiểm y tế mà thu tiền của họ đối với chi phí xét nghiệm.
Ngoài ra, một số bệnh viện mua sắm vật tư, hóa chất và thuốc thông qua chỉ định thầu rút gọn, mua ngoài không thông qua các hình thức theo quy định của Luật Đấu thầu. Nhiều trường hợp hồ sơ không đạt nhưng nhà thầu vẫn được chấm trúng thầu.
Cụ thể, Thanh tra Chính phủ nêu một số gói thầu có dấu hiệu sai phạm như: Gói số 1 năm 2016 tại Bệnh viện Nhi Trung ương và Công ty CP Hóa dược Việt Nam với giá trị trúng thầu 325 triệu đồng; 3 gói thầu năm 2016 tại Bệnh viện Bạch Mai...
Tại Bệnh viện K, Thanh tra Chính phủ xác định nơi đây ký hợp đồng với các doanh nghiệp đặt máy và tổ chức đấu thầu hóa chất không công bằng, minh bạch theo quy định. Đáng chú ý, những gói thầu có dấu hiệu phạm pháp cần chuyển sang Bộ Công an: Gói cung cấp lắp đặt thiết bị xạ trị 1, 2; gói cung cấp hệ thống xạ trị gia tốc; 10 gói chỉ định thầu rút gọn năm 2018 tại Bệnh viện Tim Hà Nội.
Tại Bệnh viện Nhân dân 115, Thanh tra Chính phủ phát hiện sai phạm đối với gói thầu mua sắm 70 máy giúp thở. Cơ sở y tế này còn bị công dân tố cáo và đơn đã được chuyển đến UBND TPHCM.
Theo Thanh tra Chính phủ, trách nhiệm để xảy ra những sai phạm trên thuộc lãnh đạo Bộ Y tế và đơn vị, cá nhân tại Bộ Y tế giai đoạn 2014-2018 như: Vụ Bảo hiểm y tế, Cục Quản lý dược, Cục Quản lý khám chữa bệnh, Vụ Trang thiết bị và công trình y tế...
Căn cứ vi phạm nghiêm trọng về đấu thầu mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế và thuốc chữa bệnh, Thanh tra Chính phủ đã chuyển Cơ quan điều tra Bộ Công an tiếp tục điều tra, làm rõ dấu hiệu vi phạm hình sự đối với 7 vụ việc sau:
- Hồ sơ về gói thầu số 2 và số 5 đấu thầu tập trung năm 2017 tại Trung tâm mua sắm tập trung quốc gia liên quan đến liên doanh Công ty UNI - Văn Lang.
- Hồ sơ việc thực hiện liên doanh, liên kết đối với 11 máy đặt tại Bệnh viện Bạch Mai.
- Việc mua sắm robot hỗ trợ phẫu thuật sọ não có sử dụng công nghệ lập kế hoạch và giải pháp PACS tại Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình văn hóa - xã hội thành phố Hà Nội.
- Mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế tại Bệnh viện Tim Hà Nội đối với 10 gói thầu chỉ định thầu rút gọn năm 2018 và một số gói thầu khác trong các năm 2018, 2019.
- Việc thực hiện gói thầu cung cấp và lắp đặt hệ thống xạ trị gia tốc thuộc dự án của Bệnh viện Ung bướu TPHCM.
- Việc cấp giấy phép nhập khẩu thiết bị y tế trái quy định, có dấu hiệu lợi ích nhóm ở Vụ Trang thiết bị và công trình y tế thuộc Bộ Y tế.
- Việc đấu thầu, mua sắm thiết bị đối với các gói thầu cung cấp lắp đặt thiết bị xạ trị 1 và 2 tại Bệnh viện K.