Về lịch sử Nghè Yên Vực có từ đầu triều Lý. Trước kia Nghè thuộc thôn yên Vực, xã Hoằng Long, huyện Hoằng Hóa, tỉnh Thanh Hóa. Vùng đất này xưa là thôn Yên Vực, xã yên Thành, tổng Từ Quang, huyện Hoằng Hóa, phủ Hà Trung. Đây là một vùng đất cổ có cư dân tụ lâu đời, cùng tồn tại và phát triển với bao giai thoại nhân vật lịch sử như Lê Long Đĩnh. Khi vua Lê Đại Hành mất vì muốn tranh ngôi với anh trai đã đem quân đánh nhau với Long Toàn ở đất Nghệ An. Khi qua địa phận Yên Vực ông cho hạ trại đóng quân ở ngã ba Tuần Ngu gần khu đền ngày nay. Thôn Yên Vực còn có các nhân vật nổi tiếng như Đỗ Xuân Cát, người thi đỗ cử nhân đã soạn ra Hà phòng ngủ thuyết (Nghĩa là 5 lý thuyết đắp đê và thủy lợi) được đạm trai tiên sinh Nhữ Bá Sĩ duyệt…Hàn lâm viện thị học sỹ, trung nghi đại phu, Thái bộ tự khanh Nguyễn Duy Sử, Tổng đốc Hưng Hóa Nguyễn Duy Kỷ, Hàn lâm viện thị giảng Nguyễn Đức Đường…
Di tích nằm dưới một khu đất bằng phẳng ngay tại ngã ba sông Tuần Ngu nơi phân nhánh của sông Mã. Cảnh trí thiên nhiên thơ mộng, hữu tình. Phía trước là dòng Mã Giang thơ mộng uốn lượn tạo nên Minh Đường, xa xa là núi Ngọc Hàm Rồng, một địa danh văn hóa xứ Thanh nổi tiếng. Cảnh trí thiên nhiên vốn đã đẹp lại được bàn tay con người hun đúc càng trở nên đẹp hơn. Chính điều đó người xưa đã chọn khoảng đất này để dựng nên ngôi đền thờ thần Ngu Giang, một thiên thần hiển thánh phù trợ cho mọi con người vươn lên cuộc sống ấm no hạnh phúc.
Từ trung tâm thành phố Thanh Hóa, dọc theo đại lộ Nam sông Mã, qua cầu Hàm Rồng cũ rẽ trái qua đê sông Mã 1 km là đến di tích. Du khách đến di tích có thể đi bằng thuyền trên sông Mã đến ngã ba sông Tuần nơi phân nhánh của sông Mã và sông Tuần sẽ nhìn thấy ngôi đền nằm bên bờ sông nơi có cảnh trí thiên nhiên thơ mộng, sơn thủy hữu tình, cùng với những hàng cây xanh tốt tỏa bóng mát rượi in dấu ngàn năm.
Sách Đại Nam nhất thống chí ghi chép: “Đền thờ Ngu Giang thần có 2 nơi thờ, thứ nhất ở phía Bắc xã Tào Xuyên, huyện Mỹ Hóa, thứ 2 địa phận bờ Nam xã Yên Thành, huyện Hoằng Hóa (Nay là Yên Vực). Tương truyền khi vua Lý Thái Tổ - Lý Công Uẩn đi đánh Sơn Nam ở Ái Châu, quân đi thuyền qua cửa sông Ngu và sông Mã bị mắc cạn, nhà vua ngầm khấn phút chốc thấy một con cá lớn nhảy qua thuyền, liền đó nước sông to thuyền đi thuận lợi, vua Lý Thái Tổ lấy làm kinh dị phong thần ở ngã ba sông Ngu và lập đền thờ ở 2 bên sông.
Sách Thanh Hóa chủ thần lục có ghi “Thần Ngu Giang thôn Yên Vực, xã Tào Xuyên là thủy thần. Khi vua Lý Thái Tổ đi chơi Quế Châu thuyền đến chỗ sông Lương và sông Mã nước sông cạn thuyền không đi được. Bỗng thấy một con cá lớn hình dáng giống một con Rồng vượt qua đầu thuyền, thế là nước sông bỗng dâng đầy, thuyền nhân đó mới ra được sông lớn, vua bèn sai lập đền thờ ở ngã ba sông.
Sách địa chí văn hóa Hoằng Hóa chú: Đền Nghè Yên Vực thờ thần Thuồng Luồng.
Như vậy một nhân vật thờ ở đền Nghè Yên Vực các sách ghi đều thống nhất là thủy thần nhưng chỉ khác về sự kiện. Các cụ kể rằng “Trước đây vào triều Lý, khi vua đi đánh giặc có qua địa phận ngã ba sông Tuần Ngu. Khi thuyền bị mắc cạn quân lính nhà vua không đi được, nhà vua buồn bã không biết có điều gì linh dị hay không mà thuyền bị mắc cạn ngay ngã ba sông, vua bèn truyền lệnh triệu người dân bản địa đến hỏi xem chỗ này trước đây có điều gì linh dị hay không? Nhân dân tâu với vua, gần ngã ba sông ở phía Nam bờ bản khu có một ngôi đền bằng tranh lâu ngày đã bị phong hóa gần hết, nhưng nhân dân những người đi thuyền vẫn về cầu đảo mong điều tốt lành. Biết chuyện vua bèn sai đình thần làm lễ tế thần. Trong chốc lát bổng thấy có con cá lớn nhảy lên trước mũi thuyền vua, lập tức nước sông dâng cao thuyền vua đi được. Khi đánh thắng giặc trở về vua bèn lệnh cho đình thần mang sắc phong cho thần là “Tam Kỳ Ngu Giang thượng đẳng tối linh thần”, đồng thời lại ban tiếp cho trạng dân 60 quan tiền công tu tạo đền thờ và lo hương hỏa, cho phép thôn Yên Vực làm nơi sở chính lo việc hương hỏa. Hàng năm vào các kỳ tiết lễ cấp tặng sắc văn cho phép thờ phụng.
Theo sách “Đại nam nhất thống trí” quyển VI phần đền miếu và Thanh Hóa chủ thần lục. Bản dịch viện nghiên cứu Hán nôm biên soạn năm Thành Thái thứ 15 thì đền Nghè Yên Vực thờ Tam kỳ Ngu Giang (Tức thần sông Tuần Ngu). Theo các cụ cao niên trong làng thì đền Nghè Yên Vực ngoài thờ Tam Kỳ Ngu Giang ra còn phối thờ các bậc quan tước đỗ đạt trong làng như Đỗ Xuân Cát, anh em dòng họ Nguyễn Duy…Sách từ điển văn hóa Việt Nam có ghi: Đỗ Xuân Cát tự là Bá Trinh, hiệu Dưỡng Hiên và một tên hiệu khác là Châu Phong. Ông là người làng Yên Vực, huyện Hoằng Hóa, tỉnh Thanh Hóa đồng thời là học trò xuất sắc của đạm trai tiên sinh Nguyễn Bá Sĩ. Đỗ cử nhân năm 1841, ông không chịu ra làm quan mà ở quê mở trường dạy học và chăm lo giữ gìn thuần phong mỹ tục của quê hương. Ông thường tự xưng là Châu Tân cư sĩ. Dân làng thừa nhận ông là tấm gương sáng cho các thế hệ con cháu noi theo giúp cho phong hóa trở nên tốt đẹp. Ông hay chữ giỏi văn, luôn quan tâm đến các vấn đề giúp ích cho cuộc sống. Trước tình hình đê điều ở Bắc Kỳ liên tục bị phá vỡ ông có soạn tập Hà phong phủ thuyết ( 5 thuyết về việc đắp đê thủy lợi) được Nhữ Bá Sĩ duyệt lại. Vua Tự Đức mời ông ra làm quan nhưng ông vẫn cương quyết cáo từ, ông còn soạn cuốn Lâm hành tạp lục ghi chép đầy đủ về cảnh trí phong tục miền núi trên con đường về phía Tây Thanh Hóa. Những công lao của ông được Nhân dân Yên Vực tôn làm tấm gương sáng phản chiếu cho mọi thế hệ con cháu noi theo. Khi ông mất, Nhân dân tôn sùng ghi nhớ công lao thờ phối trong đền Nghè làng. Ngoài ra Nghè còn phối thờ dòng họ Nguyễn Duy. Đây là dòng họ nổi tiếng về học tập, quan tước ở đất Yên Vực. Hiện nay trong dòng họ vẫn còn giữ được khá nhiều các bản chế, bằng vua ban cho các công thần trong dòng họ; cụ thể là Nguyễn Đức Đường làm quan được thăng chức chiêu liệt đại phu; Hàn lâm viện thị giảng học sĩ, Nguyễn Duy Sử được phong tặng Trung thuận đại phu, hàn lâm viện thị đại học sĩ về sau thăng lên trung nghị đại phu Thái học tư khanh; Nguyễn Huy Kỳ làm quan tuần phủ hộ lí bố chánh sử tỉnh Hưng Hóa sau thăng lên Tổng đốc.
Đền Nghè Yên Vực được xây dựng gồm 2 dãy nhà gồm tiền đường và hậu cung nối với nhau thành hình chữ T. Trước đền là sân rồng, sau sân rồng là sông Mã. Vì vậy rất thuận lợi cho các vua năm xưa đi đường thủy lên vãn cảnh. Thời kỳ chiến tranh chống Mỹ cứu nước, do nằm ở khu vực lưới lửa Hàm Rồng cộng với một thời kỳ nhìn nhận sai về giá trị văn hóa lịch sử Nghè đã bị tàn phá nặng nề. Nhưng với niềm tin và tấm lòng yêu mến, tri ân nguồn gốc văn hóa của quê hương, Nhân dân đã xây dựng lại hậu cung ngay trên thửa đất trước đây của đền. Mỗi một năm qua đi đền Nghè Yên Vực lại đẹp hơn do sự chăm lo tôn tạo của Nhân dân và những người trông coi đền.
Hiện tại Nghè vẫn còn lưu giữ những hiện vật có giá trị như bia hậu phật, bia ký, bia công đức, các bàn ghế bệ đá, các đá tảng, bát hương đá, các bài chế vua ban cho anh em họ Nguyễn Duy.
Di tích đền Nghè Yên Vực ngày nay luôn là một di tích có giá trị về mặt tinh thần và truyền thống xây dựng giữ gìn quê hương đất nước. Nghè thờ thiên thần phối thờ các nhân thần quan tước có công với nước với dân. Đó cũng là mong muốn ý niệm của nhân dân về đạo lý uống nước nhớ nguồn. Người dân Yên Vực đã xây dựng một nền văn hóa vật chất như đền, nghè, miếu mạo, chùa. Đó là những tài sản quý giá mà ít nơi nào có được. Qua tín ngưỡng thờ thần, những thiên thần siêu nhiên cứu cánh, được nhân dân thần thánh hóa là một thánh nhân phù độ cho mọi kiếp người, biểu hiện cho truyền thống nhân văn của dân tộc. Di tích Nghè Yên Vực đã trải qua bao thăng trầm của thời gian, bão gió, nắng mưa, chiến tranh... nhưng vẫn mãi mãi tồn tại cùng lịch sử, góp phần tôn cao giá trị văn hóa về cuộc sống trường tồn của người dân nơi đây./.
