Kỳ thi được tổ chức theo hai bảng. Bảng A dành cho học sinh các trường THPT không chuyên và học sinh không thuộc lớp chuyên của trường chuyên, với mục tiêu lựa chọn, công nhận học sinh giỏi cấp thành phố. Bảng B dành cho học sinh toàn thành phố, kết quả vừa được sử dụng để xếp giải cấp thành phố, vừa làm căn cứ lựa chọn các đội tuyển tham dự kỳ thi học sinh giỏi quốc gia.
Thí sinh dự thi tại 9 điểm thi. Trong đó, 6 điểm tổ chức Bảng A và 3 điểm tổ chức Bảng B theo từng nhóm môn. Các môn thi được triển khai với nhiều hình thức, gồm thi viết, lập trình trên máy tính, thực hành, thực nghiệm và thi nói đối với ngoại ngữ.
Riêng Bảng B, ngày 14/9 thí sinh thi các môn trong thời gian 180 phút. Ngày 15/9, các môn Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Tin học và Ngoại ngữ tiếp tục được tổ chức; môn Ngoại ngữ có thêm phần thi nói theo ca.
Mỗi bài thi được chấm theo thang điểm 20.
Để bảo đảm kỳ thi diễn ra nghiêm túc, Hà Nội bố trí 271 phòng thi chính thức, 9 phòng thi dự phòng và gần 1.000 cán bộ, giáo viên, nhân viên tham gia các khâu tổ chức, coi thi. Mỗi phòng thi có hai giám thị thuộc hai trường khác nhau, góp phần bảo đảm tính khách quan trong quá trình tổ chức.
Kết quả kỳ thi không chỉ là căn cứ ghi nhận thành tích học tập của học sinh mà còn góp phần lựa chọn những gương mặt có năng lực nổi bật để tiếp tục bồi dưỡng, tham gia các đội tuyển của Hà Nội tại kỳ thi học sinh giỏi quốc gia. Qua đó, hoạt động phát hiện và phát triển học sinh năng khiếu được gắn với việc chuẩn bị nguồn nhân lực chất lượng cao từ sớm.
