Trải qua 60 năm xây dựng, chiến đấu, chiến thắng và trưởng thành, với những thành tích xuất sắc tại chiến trường Cửa Việt, Đông Hà, cũng như trong huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu thời kỳ đổi mới, Lữ đoàn đã được Đảng, Nhà nước, Quân đội tặng nhiều phần thưởng cao quý. Nổi bật, Lữ đoàn 3 lần được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân (vào các năm 1969, 1971 và 2020); 4 tập thể được phong tặng danh hiệu Anh hùng (riêng Đội 1 vinh dự 3 lần được đón nhận phần thưởng này); 13 cá nhân được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân, trong đó có những đồng chí lập công khi tuổi đời còn rất trẻ.
Trong những năm kháng chiến chống Mỹ, cứu nước, Lữ đoàn đã tuyển chọn, huấn luyện hơn 5.000 cán bộ, chiến sĩ chi viện cho các chiến trường từ Đà Nẵng, Quy Nhơn, Nha Trang, Bà Rịa - Vũng Tàu đến Đoàn 10 Rừng Sác. Với hơn 300 trận đánh, cán bộ, chiến sĩ đơn vị đã đánh chìm, đánh hỏng 372 tàu, thuyền các loại; phá hủy hàng vạn tấn vũ khí, phương tiện chiến tranh; bắn cháy 28 xe tăng, 3 máy bay trực thăng, đánh sập 7 cầu giao thông; tiêu diệt hàng nghìn sinh lực địch. Đặc biệt, đơn vị đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ giải phóng quần đảo Trường Sa, góp phần quan trọng vào thắng lợi vĩ đại của dân tộc.
Sau ngày đất nước thống nhất, đơn vị tiếp tục thực hiện nhiều nhiệm vụ trọng yếu. Cán bộ, chiến sĩ Lữ đoàn đã trực tiếp tham gia chiến đấu bảo vệ biên giới Tây Nam của Tổ quốc, làm nghĩa vụ quốc tế cao cả; đồng thời kiên cường bám trụ, đấu tranh bảo vệ vững chắc chủ quyền quần đảo Trường Sa.
Bước vào thời kỳ mới, khi Quân chủng Hải quân được đầu tư tiến thẳng lên hiện đại, lực lượng Đặc công Hải quân cũng không ngừng phát triển với tổ chức biên chế tinh gọn, sức cơ động cao. Lữ đoàn chú trọng nghiên cứu, phát triển lý luận, nghệ thuật tác chiến, bảo đảm tốt vũ khí, trang bị nhằm phát huy tối đa khả năng và hiệu suất chiến đấu.
Đơn vị thường xuyên cải tạo, nâng cấp thao trường, bãi tập; ứng dụng hiệu quả nhiều mô hình, học cụ huấn luyện. Hưởng ứng Giải thưởng “Tuổi trẻ sáng tạo” mang tên Anh hùng liệt sĩ Nguyễn Phan Vinh, nhiều năm liền đơn vị có công trình đoạt giải cao. Trong công tác huấn luyện, Lữ đoàn luôn coi trọng bồi dưỡng, nâng cao trình độ, bảo đảm 100% cán bộ đủ khả năng huấn luyện theo phân cấp.
Bám sát phương châm “Cơ bản, thiết thực, vững chắc”, Đảng ủy, chỉ huy Lữ đoàn xác định trọng tâm là huấn luyện bộ đội đạt trình độ “thuần thục, điêu luyện về kỹ thuật, giỏi về chiến thuật”. Mục tiêu này được cụ thể hóa bằng tiêu chí “5 giỏi, 2 keo sơn”: Bơi lặn giỏi, võ giỏi, bắn giỏi, tác chiến giỏi, giỏi chịu đựng khó khăn gian khổ; tình đồng đội và tình quân - dân gắn bó keo sơn.
Cùng với nhiệm vụ trung tâm, công tác đảng, công tác chính trị luôn được triển khai sâu rộng. Năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của các cấp ủy, tổ chức đảng không ngừng được nâng lên; đến nay 100% chi bộ đã có cấp ủy, các phân đội đều có tổ đảng. Lữ đoàn tập trung xây dựng đội ngũ đảng viên có bản lĩnh chính trị kiên định, vững vàng, không ngại hy sinh, gian khổ. Mọi hoạt động của tổ chức đảng đều giữ vững nguyên tắc tập trung dân chủ, tập thể lãnh đạo, cá nhân phụ trách.
Năm 2026 và những năm tiếp theo, nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền biển, đảo đặt ra yêu cầu ngày càng cao, lực lượng thường xuyên phải phân tán thực hiện nhiệm vụ. Trong chiến tranh hiện đại, dù xuất hiện nhiều phương tiện tác chiến tối tân, vũ khí không người lái (UAV, USV, UUV)..., Đảng ủy, chỉ huy Lữ đoàn xác định Đặc công Hải quân vẫn giữ vai trò là lực lượng mũi nhọn tinh nhuệ, có hiệu suất chiến đấu cao.
Để đáp ứng yêu cầu đó, Lữ đoàn tiếp tục đổi mới công tác giáo dục chính trị, giúp bộ đội nhận rõ âm mưu của kẻ thù, từ đó xây dựng ý chí quyết tâm, sẵn sàng chiến đấu hy sinh vì chủ quyền Tổ quốc. Đồng thời, đơn vị tiếp tục đột phá vào huấn luyện đồng bộ, chuyên sâu, sát thực tế chiến trường; đẩy mạnh huấn luyện theo tình huống, đối kháng, dã ngoại dài ngày ở vùng biển xa, huấn luyện đêm; không ngừng nâng cao sức chịu đựng sóng gió cho bộ đội.
Phát huy truyền thống 60 năm oanh liệt, cán bộ, chiến sĩ Lữ đoàn Đặc công Hải quân 126 tiếp tục nêu cao tinh thần tự lực, tự cường, đoàn kết, sáng tạo, xứng đáng với niềm tin yêu của Đảng, Nhà nước, Quân đội và Nhân dân; mãi mãi tô thắm truyền thống: "Anh dũng, mưu trí, khắc phục khó khăn, đoàn kết lập công, chiến thắng liên tục".
